New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1977295 = | 0 (0.000) | 85 (0.530) | 60/150 | 1.8 | 100% | intergenic (‑56/‑482) | insA5/yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
? | NC_000913 | = 2100969 | NA (NA) | coding (443/474 nt) coding (443/444 nt) |
b4529 yefJ |
hypothetical protein putative glycosyl transferase |
TGATAGAAACAGAAGCCACTGGAGCACCTCAAAAACACCATCATACACTAAATCAGTAAGTTGGCAGCATCACCCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCA > NC_000913/1977221‑1977370 | atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCa < 1:4251075‑M1/2‑1 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATa < 1:2612571‑M1/4‑1 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATa < 1:252593‑M1/4‑1 (MQ=255) gatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATa > 1:2463263‑M1/73‑76 (MQ=255) tgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgctctcatatcagggacttgttcgcaccctccttaaCATaaa > 2:82254‑M1/71‑76 (MQ=255) aaccctgttctctggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATg > 2:3064227‑M1/69‑76 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATg > 1:3075569‑M1/69‑76 (MQ=255) aaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATg < 1:3269360‑M1/8‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGtata > 2:3967793‑M1/65‑76 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATaa > 2:2995376‑M1/64‑76 (MQ=255) gttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAg < 2:4271715‑M1/14‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGt > 1:672957‑M1/62‑76 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGt < 1:2651867‑M1/15‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGt < 1:4328150‑M1/15‑1 (MQ=255) tctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTc > 2:2612571‑M1/61‑76 (MQ=255) tctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTc > 1:4583628‑M1/61‑76 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCa > 2:4267619‑M1/60‑76 (MQ=255) atggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATa < 2:400800‑M1/19‑1 (MQ=255) atggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATa > 2:2541319‑M1/58‑76 (MQ=255) atggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATa > 1:4554573‑M1/58‑76 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATAc < 2:801228‑M1/20‑1 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACt < 1:184623‑M1/21‑1 (MQ=255) gctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACtt > 2:1133306‑M1/55‑76 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttt < 2:3948156‑M1/23‑1 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACtttt > 1:4486383‑M1/53‑76 (MQ=255) tccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACtttt < 1:512781‑M1/24‑1 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttg < 1:2770524‑M1/25‑1 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgt > 1:259799‑M1/51‑76 (MQ=255) cagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgt < 2:2089038‑M1/26‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgtttt > 2:2834427‑M1/48‑76 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgtttt > 2:2847170‑M1/48‑76 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgttttg < 1:1270128‑M1/30‑1 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACttttgttttg < 1:1046154‑M1/30‑1 (MQ=255) gacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTgg > 2:1051385‑M1/46‑76 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTggg > 1:400800‑M1/45‑76 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtgt > 2:2464510‑M1/42‑76 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtgt > 2:239193‑M1/42‑76 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtgt > 1:5356767‑M1/42‑76 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccgtaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGgtgt > 2:5364259‑M1/42‑76 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc > 1:889583‑M1/37‑76 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc > 1:2913983‑M1/37‑76 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc > 1:2792224‑M1/37‑76 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:2677377‑M1/40‑1 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc < 1:5700689‑M1/40‑1 (MQ=255) gatctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTc > 2:5194693‑M1/37‑76 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgccccttccttacCATAACTGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTATATTTCa > 1:5253165‑M1/36‑76 (MQ=255) tctcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCaa > 2:3571056‑M1/35‑76 (MQ=255) tcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATc < 2:4528261‑M1/44‑1 (MQ=255) tcatatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTACAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATc < 2:591416‑M1/44‑1 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTg > 1:3875616‑M1/31‑76 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGt > 2:2770524‑M1/30‑76 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTCTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGt < 1:4041929‑M1/47‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcgccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGtt > 2:2945837‑M1/29‑76 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGtt > 2:551749‑M1/29‑76 (MQ=255) cagggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaa < 1:930170‑M1/50‑1 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaa < 2:3224865‑M1/52‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa > 1:5086156‑M1/24‑76 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa > 2:4701113‑M1/24‑76 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTaaaaa < 1:3541866‑M1/53‑1 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAg < 1:310750‑M1/54‑1 (MQ=255) gcttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATATGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGt > 2:859105‑M1/22‑76 (MQ=255) acttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGt > 2:1270128‑M1/22‑76 (MQ=255) ttgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttt > 1:5585653‑M1/20‑76 (MQ=255) tgttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGtttt > 2:3876247‑M1/19‑76 (MQ=255) gttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGttttt < 1:475706‑M1/59‑1 (MQ=255) ttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTc > 2:1989933‑M1/17‑76 (MQ=255) ttcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTc < 1:1931081‑M1/60‑1 (MQ=255) tcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 1:1829363‑M1/16‑76 (MQ=255) tcgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcg > 1:3707387‑M1/16‑76 (MQ=255) cgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgc > 1:803190‑M1/15‑76 (MQ=255) cgcaccttccttaaCATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTcgc > 2:4340945‑M1/15‑76 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |