| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 1 (0.040) | 24 (1.050) | 21/102 | NT | 96.0% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
GTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > W3110S.gb/3748732‑3748868 | gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa < 1:247658‑M1/4‑1 (MQ=255) tgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat < 1:417846/71‑1 (MQ=255) gcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa < 1:1564613‑M1/7‑1 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa < 1:701909‑M1/4‑1 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa < 1:1457004‑M1/4‑1 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCta > 1:1353772‑M1/63‑65 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:1706250‑M1/1‑1 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa > 1:2012963‑M1/59‑71 (MQ=255) 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aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:2099813‑M2/69‑46 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:749602‑M2/1‑24 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:569614‑M2/71‑54 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:837437‑M1/9‑65 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:1950494‑M1/9‑65 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct < 1:449062‑M2/69‑53 (MQ=255) cattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg > 1:1830539‑M1/8‑51 (MQ=255) accCTAATAACAAAAACCCGGTATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt > 1:1786502‑M1/4‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1406823‑M2/1‑11 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:163800‑M2/1‑11 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:1371280‑M2/71‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:57614‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggc > 1:649950‑M2/1‑9 (MQ=255) | GTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > W3110S.gb/3748732‑3748868 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |