| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 31 (1.360) | 25/102 | NT | 93.9% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 2 (0.090) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
ATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCAC > W3110S.gb/3748741‑3748876 | caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa > 1:2012963‑M1/59‑71 (MQ=255) aagtcatagggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc < 1:963693‑M1/15‑1 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt < 1:759548‑M1/21‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:1049987‑M1/49‑70 (MQ=255) ggTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaa > 1:401569‑M2/1‑56 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:948466‑M1/46‑71 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:1128131‑M1/45‑71 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1472090‑M1/29‑1 (MQ=255) 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1:1725526‑M2/71‑48 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:2099813‑M2/69‑46 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:749602‑M2/1‑24 (MQ=255) aaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:569614‑M2/71‑54 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:837437‑M1/9‑65 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:1950494‑M1/9‑65 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct < 1:449062‑M2/69‑53 (MQ=255) cattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg > 1:1830539‑M1/8‑51 (MQ=255) accCTAATAACAAAAACCCGGTATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt > 1:1786502‑M1/4‑55 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1406823‑M2/1‑11 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:163800‑M2/1‑11 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |