| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 1401345 = | 60 (0.740) | 9 (0.120) | 5/88 | NT | 16.7% | intergenic (‑105/+90) | fnr/ogt | DNA‑binding transcriptional dual regulator, global regulator of anaerobic growth/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase |
| ? | W3110S.gb | 1401365 = | 36 (0.490) | intergenic (‑125/+70) | fnr/ogt | DNA‑binding transcriptional dual regulator, global regulator of anaerobic growth/O‑6‑alkylguanine‑DNA:cysteine‑protein methyltransferase | |||||
TTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCT > W3110S.gb/1401275‑1401415 | acattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttca > 1:2667395‑M1/71‑71 (MQ=255)acattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttca > 1:4323770‑M1/71‑71 (MQ=255)acattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttca > 1:237251‑M1/71‑71 (MQ=255) ttAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTa > 1:7337167/1‑70 (MQ=255) ttAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTa > 1:6090389/1‑70 (MQ=255) ttAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTa < 1:5706447/70‑1 (MQ=255) ttAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTa > 1:2544561/1‑70 (MQ=255) cattaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaa > 1:3093446‑M1/70‑71 (MQ=255) ttaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaa > 1:3283150‑M1/68‑70 (MQ=255) ttaaacaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAat > 1:7655158‑M1/68‑71 (MQ=255) aCATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTaaa < 1:6312107/69‑1 (MQ=255) aCATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAata > 1:2009289/1‑71 (MQ=255) aCATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAat < 1:2875729/70‑1 (MQ=255) tCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAatatat > 1:5457560/1‑71 (MQ=255) acaatttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAatatat < 1:6623554‑M1/8‑1 (MQ=255) cTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATg > 1:1129788/1‑71 (MQ=255) atttgtgccagcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAat > 1:7866821‑M1/61‑64 (MQ=255) tttAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAatatat < 1:5677846/67‑1 (MQ=255) ttAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTaaa > 1:5522115/1‑61 (MQ=255) ttAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTaaa > 1:5552230/1‑61 (MQ=255) gggAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtctatct < 1:3604333/71‑1 (MQ=255) gggAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtctatc > 1:5406649/1‑70 (MQ=255) gggAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtctatc > 1:1874256/1‑70 (MQ=255) ggAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtctatcta < 1:1086425/71‑1 (MQ=255) aGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTAtt > 1:2783307/1‑71 (MQ=255) gCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGt < 1:3616672/61‑1 (MQ=255) agcttgttcacacttttatgtaaagttacccttaagttgttaagggttttcAAATATATGTCTATCTAttt > 1:1194087‑M1/52‑71 (MQ=255) cAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTAttt > 1:5952569/1‑70 (MQ=255) cAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTg < 1:4687757/71‑1 (MQ=255) agtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAatatat > 1:2970375/1‑56 (MQ=255) agtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaa < 1:695809/71‑1 (MQ=255) agtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaa < 1:338281/71‑1 (MQ=255) agtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGa > 1:3094726/1‑70 (MQ=255) gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtct < 1:7660704/59‑1 (MQ=255) gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaaa < 1:5906560/71‑1 (MQ=255) gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaa > 1:6893453/1‑70 (MQ=255) gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaa > 1:529420/1‑70 (MQ=255) gtaagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaa > 1:4952690/1‑70 (MQ=255) taagtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaaaa > 1:2677079/1‑71 (MQ=255) gtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtc < 1:4506293/54‑1 (MQ=255) gtCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAAccc < 1:5752581/71‑1 (MQ=255) cacacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttca < 1:3025054‑M1/1‑1 (MQ=255) cacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaa < 1:1429549‑M1/2‑1 (MQ=255) cacttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaa < 1:45496‑M1/2‑1 (MQ=255) tAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTa < 1:2442052/41‑1 (MQ=255) ttttatttaaagttacccttaacaacttaagggttttcaa > 1:4839623‑M1/39‑40 (MQ=255) ttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaa < 1:4074255‑M1/3‑1 (MQ=255) ttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTctatctat > 1:5642294‑M1/39‑56 (MQ=255) ttttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTctatctat > 1:7427792‑M1/39‑56 (MQ=255) aGCAAACCTTAAGAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCtt < 1:762707/68‑1 (MQ=255) aGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCtt < 1:4273012/68‑1 (MQ=255) aGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCtt < 1:6169972/68‑1 (MQ=255) aGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAg > 1:3157104/1‑71 (MQ=255) tttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcaaa < 1:5738446‑M1/3‑1 (MQ=255) gCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtct < 1:3888684/49‑1 (MQ=255) ttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAata < 1:2320229‑M1/5‑1 (MQ=255) ttatgtaaagttacccttaacaacttaagggttttcAAata < 1:2485515‑M1/5‑1 (MQ=255) cAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGtctat < 1:6688598/50‑1 (MQ=255) aaaCCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTAttt > 1:2451262/1‑55 (MQ=255) aaaCCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTAttt > 1:2635778/1‑55 (MQ=255) aaaCCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAAcc > 1:2258174/1‑62 (MQ=255) aaaCCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAg < 1:5654079/68‑1 (MQ=255) cTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTa < 1:5900794/62‑1 (MQ=255) cTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTa < 1:1718224/62‑1 (MQ=255) aaagttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTCTATCTAtt > 1:3875769‑M1/31‑49 (MQ=255) aagttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTCTATCTATTTg < 1:7102355‑M1/21‑1 (MQ=255) aagttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTCTATCTATTTg < 1:7218663‑M1/21‑1 (MQ=255) gttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGtct > 1:2383317‑M1/28‑39 (MQ=255) aCAGCAGAGAAATCCGATATTAGATGTAAATATATGtctat < 1:6730669/41‑1 (MQ=255) ttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTctatctat > 1:1059736‑M1/27‑44 (MQ=255) ttacccttaacaacttaagggttttcAAATATATGTctatctat > 1:5312079‑M1/27‑44 (MQ=255) cagcagAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATGTATTTGAAAACCCTTaa > 1:6760343/1‑58 (MQ=255) cagcagAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGaa > 1:3245330/1‑49 (MQ=255) cagcagAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTaa > 1:3086519/1‑58 (MQ=255) cagAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTAtt > 1:1053266/1‑42 (MQ=255) agagAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACtt < 1:6621346/71‑1 (MQ=255) gaATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTa > 1:6465688/1‑70 (MQ=255) aaTTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAg > 1:7890824/1‑59 (MQ=255) ttCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACAt > 1:7168316/1‑70 (MQ=255) tCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTa < 1:4914171/66‑1 (MQ=255) tCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTa < 1:7482456/66‑1 (MQ=255) ccGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTa > 1:4737961/1‑53 (MQ=255) ccGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATaa < 1:1480848/70‑1 (MQ=255) tatTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCtt < 1:232342/40‑1 (MQ=255) tatTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAgtg > 1:5444804/1‑71 (MQ=255) atTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACtt > 1:7060719/1‑58 (MQ=255) atTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAgtgt > 1:4830089/1‑71 (MQ=255) ttAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAGCCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAgtgt > 1:2904510/1‑70 (MQ=255) ttAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAggg > 1:2510822/1‑51 (MQ=255) ttAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAgg > 1:366623/1‑50 (MQ=255) ttAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAgg < 1:1571188/50‑1 (MQ=255) ttAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAgtgt > 1:4310683/1‑70 (MQ=255) ttAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAgtgt < 1:460923/70‑1 (MQ=255) tAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGtgtg > 1:714810/1‑70 (MQ=255) aGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGaa > 1:5511626/1‑71 (MQ=255) gATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAggg < 1:7546161/48‑1 (MQ=255) gATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAggg < 1:7719378/48‑1 (MQ=255) gTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTa < 1:2835524/47‑1 (MQ=255) AAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCt < 1:1490668‑M1/71‑1 (MQ=255) | TTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCT > W3110S.gb/1401275‑1401415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |