| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1515970 | 54 (0.660) | 9 (0.120) | 3/90 | NT | 13.4% | coding (426/942 nt) | ydcU | predicted spermidine/putrescine transporter subunit |
| ? | W3110S.gb | = 1515984 | 67 (0.900) | coding (440/942 nt) | ydcU | predicted spermidine/putrescine transporter subunit | |||||
AATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGC > W3110S.gb/1515901‑1516040 | aaTGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCt > 1:7315202/1‑71 (MQ=255) aaGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACg < 1:1835032/71‑1 (MQ=255) aGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGt > 1:5183549/1‑71 (MQ=255) aGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGt > 1:4403145/1‑71 (MQ=255) gTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGt < 1:6094608/68‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTAt > 1:3312223/1‑71 (MQ=255) gTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTAt > 1:6900012/1‑71 (MQ=255) tttttttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTAtt < 1:4584351/71‑1 (MQ=255) tttttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGc > 1:6613467/1‑71 (MQ=255) ttttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTAt > 1:5208076/1‑67 (MQ=255) ttttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGc < 1:6586081/70‑1 (MQ=255) ttttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGc < 1:5182318/70‑1 (MQ=255) tttATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCt < 1:796234/70‑1 (MQ=255) tataTTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTg > 1:5242809/1‑66 (MQ=255) ttGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCaa > 1:2482159/1‑69 (MQ=255) tAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTg < 1:4935032/46‑1 (MQ=255) tAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGc < 1:5186750/71‑1 (MQ=255) aTGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTg < 1:7787400‑M2/57‑2 (MQ=255) ttGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccaggcata > 1:5686581‑M1/1‑39 (MQ=255) ttGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccaggcata > 1:3390236‑M1/1‑39 (MQ=255) ttGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccaggcata > 1:3156272‑M1/1‑39 (MQ=255) cGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAg < 1:7501681/71‑1 (MQ=255) gATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccag < 1:1895797‑M1/49‑16 (MQ=255) gATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccag < 1:4631600‑M1/49‑16 (MQ=255) gATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccag < 1:6869205‑M1/49‑16 (MQ=255) gATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGt > 1:4221038/1‑71 (MQ=255) aTGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTg > 1:7301847/1‑71 (MQ=255) tgtgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccaggc > 1:6059512‑M1/1‑32 (MQ=255) tgtgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccaggc > 1:3959457‑M1/1‑32 (MQ=255) tgtgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCagcaataacgtccaggc > 1:6524740‑M1/1‑32 (MQ=255) tgtgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTgg > 1:5225723/1‑71 (MQ=255) tgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTg < 1:5455700/42‑1 (MQ=255) tgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTg < 1:6221842/42‑1 (MQ=255) tgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtt < 1:7712110/71‑1 (MQ=255) tgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtt < 1:5296586/71‑1 (MQ=255) tgGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGt < 1:3793097/70‑1 (MQ=255) ggCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCaaaa < 1:5993958/49‑1 (MQ=255) ggCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:7356053/71‑1 (MQ=255) gCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGtt < 1:1396309/35‑1 (MQ=255) gCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGtt < 1:1843680/35‑1 (MQ=255) gCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGttttt < 1:5239793/71‑1 (MQ=255) gCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt > 1:7303566/1‑70 (MQ=255) gAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTAt > 1:5912399/1‑35 (MQ=255) gCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTgg > 1:3018114/1‑54 (MQ=255) tACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTacaaca > 1:141100/1‑71 (MQ=255) aCATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCaaa < 1:7413663/40‑1 (MQ=255) cATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACAt < 1:2342750/70‑1 (MQ=255) cATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATc > 1:6669479/1‑71 (MQ=255) cATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATc > 1:7666415/1‑71 (MQ=255) cATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATc > 1:7614260/1‑71 (MQ=255) aTTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCaa > 1:4323971/1‑37 (MQ=255) aTTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCaa > 1:6312975/1‑37 (MQ=255) aTTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCaa > 1:2796170/1‑37 (MQ=255) aTTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGAGGtttt < 1:1022355/61‑1 (MQ=255) ttGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCtt < 1:1116799/71‑1 (MQ=255) tGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGa > 1:400580/1‑39 (MQ=255) tGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTac > 1:7510654/1‑62 (MQ=255) tGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTg > 1:3800056/1‑71 (MQ=255) gTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTg < 1:5348329/70‑1 (MQ=255) ttAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATgg < 1:6488791/40‑1 (MQ=255) ttAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGttt < 1:4288997/56‑1 (MQ=255) ttAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGttt < 1:959540/56‑1 (MQ=255) ttAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGttt < 1:3150468/56‑1 (MQ=255) tAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGAt < 1:539997/37‑1 (MQ=255) aaGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTg > 1:4045483/1‑71 (MQ=255) cTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTg > 1:7878144/1‑45 (MQ=255) tATGCCTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatcggcaa > 1:3156272‑M2/1‑20 (MQ=255) tATGCCTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatcggcaa > 1:5686581‑M2/1‑20 (MQ=255) tATGCCTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatcggcaa > 1:3390236‑M2/1‑20 (MQ=255) aTGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCt < 1:967013/38‑1 (MQ=255) aTGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCt < 1:7845262/58‑1 (MQ=255) aTGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCt < 1:2166086/58‑1 (MQ=255) aTGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCa > 1:6902882/1‑71 (MQ=255) tGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:1809138/47‑1 (MQ=255) tGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:3092512/47‑1 (MQ=255) tGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAAcc < 1:3268939/69‑1 (MQ=255) gCCTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccaca > 1:6524740‑M2/1‑17 (MQ=255) gCCTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccaca > 1:3959457‑M2/1‑17 (MQ=255) gCCTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccaca > 1:6059512‑M2/1‑17 (MQ=255) gCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTg > 1:4441583/1‑63 (MQ=255) gCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCa > 1:1954102/1‑69 (MQ=255) ccTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCt < 1:4312261/61‑1 (MQ=255) ccTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCAct < 1:1347729/70‑1 (MQ=255) ccTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCAct < 1:1115274/70‑1 (MQ=255) ccTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTA‑AACATCTTGGGCTGGAACCActgc > 1:3962419/1‑71 (MQ=255) cagcaataacgtccaggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatcggcaacat < 1:7787400‑M1/57‑57 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatc < 1:4631600‑M2/49‑35 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatc < 1:6869205‑M2/49‑35 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTggcataggctttaacaatgtagctcgcccacatc < 1:1895797‑M2/49‑35 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:513251/44‑1 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:7160957/44‑1 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:2711108/44‑1 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGtttt < 1:7801396/44‑1 (MQ=255) cTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGAGGtttt < 1:6839260/44‑1 (MQ=255) | AATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGCGAGCTACATTGTTAAAGCCTATGCCTGGACGTTATTGCTGGCAAAAGATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGC > W3110S.gb/1515901‑1516040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |