| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3384262 = | 163 (2.000) | 7 (0.100) | 4/88 | NT | 5.4% | intergenic (‑139/‑296) | mdh/argR | malate dehydrogenase, NAD(P)‑binding/DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding |
| ? | W3110S.gb | 3384285 = | 101 (1.380) | intergenic (‑162/‑273) | mdh/argR | malate dehydrogenase, NAD(P)‑binding/DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding | |||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CAAGAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCA > W3110S.gb/3384216‑3384355 | cAAGAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGt > 1:5562036/1‑70 (MQ=255) aaGAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTaa < 1:5133747/71‑1 (MQ=255) aGAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAAt < 1:5952400/71‑1 (MQ=255) aGAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAAt < 1:6477220/71‑1 (MQ=255) gAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAAtt < 1:5364633/71‑1 (MQ=255) gAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAAt < 1:1525692/70‑1 (MQ=255) gaTGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAAtt > 1:3482587/2‑70 (MQ=255) aTGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTaa < 1:3432101/71‑1 (MQ=255) aTGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTaa > 1:1697589/1‑71 (MQ=255) tgtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACa < 1:921660/70‑1 (MQ=255) tgtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAg < 1:1384468/71‑1 (MQ=255) gtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTaa < 1:6849815/67‑1 (MQ=255) gtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTaa < 1:622505/67‑1 (MQ=255) gtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTaa < 1:2659203/67‑1 (MQ=255) gtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACa < 1:7802189/69‑1 (MQ=255) gtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGt > 1:3655649/1‑71 (MQ=255) gtAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGt > 1:2551281/1‑71 (MQ=255) tAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTc < 1:7067558/71‑1 (MQ=255) aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACa > 1:2896382/1‑63 (MQ=255) aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGt < 1:443941/65‑1 (MQ=255) aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCt < 1:7635932/69‑1 (MQ=255) aCGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCt < 1:5101709/69‑1 (MQ=255) gCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAAt > 1:6616938/1‑56 (MQ=255) gCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTAt > 1:6732041/1‑70 (MQ=255) gCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATg > 1:1438314/1‑71 (MQ=255) cAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAAAAGTc > 1:1256131/1‑63 (MQ=255) aaGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTaa > 1:4715641/1‑53 (MQ=255) aaGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa > 1:1217876/1‑71 (MQ=255) aaGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa > 1:5595058/1‑71 (MQ=255) tttAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCAt < 1:3084363/69‑1 (MQ=255) taatgcataagcgactgttaattaCGTAATCAGGAACCTAACTTACGt < 1:7925409‑M1/24‑1 (MQ=255) tAGCGTTTTTGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTa > 1:6313407/1‑47 (MQ=255) tAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTa > 1:6285321/1‑47 (MQ=255) gCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgcgc < 1:527973/71‑1 (MQ=255) cGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCa < 1:422174/71‑1 (MQ=255) cGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCa < 1:1926112/71‑1 (MQ=255) ttATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACa > 1:2470421/1‑71 (MQ=255) tATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACAt > 1:5484926/1‑71 (MQ=255) tGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTc > 1:5380964/1‑71 (MQ=255) cATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTcc < 1:4304648/70‑1 (MQ=255) cATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCa < 1:2888789/71‑1 (MQ=255) aTTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATg < 1:2509163/52‑1 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACa < 1:4214814/41‑1 (MQ=255) tttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa > 1:2251783/1‑56 (MQ=255) ttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:5725934/1‑48 (MQ=255) ttAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCaa > 1:234509/1‑69 (MQ=255) tAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTa > 1:3628435/1‑47 (MQ=255) tAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCAt > 1:5319420/1‑52 (MQ=255) tAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCAt > 1:4968182/1‑52 (MQ=255) tAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAg > 1:4654189/1‑71 (MQ=255) tAATTGCAGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACACACGCt > 1:2136170/1‑45 (MQ=255) aaTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTaa > 1:5906072/1‑36 (MQ=255) aTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggt < 1:7160457/71‑1 (MQ=255) aTTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAg < 1:1331321/69‑1 (MQ=255) ttGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTc > 1:4591573/1‑39 (MQ=255) ttGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa > 1:1001057/1‑48 (MQ=255) ttGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCa > 1:3754011/1‑48 (MQ=255) gCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggtggt > 1:7833472/1‑71 (MQ=255) acgtaagttaggttcctgattacgTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa < 1:3859868‑M2/24‑1 (MQ=255) CGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAg > 1:7267590‑M1/1‑64 (MQ=255) gtaagttaggttcctgattacgTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc > 1:5234505‑M2/23‑48 (MQ=255) TAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgcgc > 1:3351593‑M1/1‑49 (MQ=255) TAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc < 1:7819634‑M1/70‑1 (MQ=255) TAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGAc < 1:4451629‑M1/70‑1 (MQ=255) aagttaggttcctgattacgTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa > 1:2304954‑M2/21‑71 (MQ=255) ATCAGGAACCTAACTTATGTAATTAACAGTCGCTTATGCAt > 1:3267808‑M1/1‑41 (MQ=255) ATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:4047444‑M1/70‑1 (MQ=255) ATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:6920652‑M1/70‑1 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc < 1:6377687/44‑1 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAgc < 1:1129128/44‑1 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAata < 1:337897/71‑1 (MQ=255) tCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAata < 1:1961073/71‑1 (MQ=255) ttaggttcctgattacgTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAatat < 1:3503388‑M2/54‑1 (MQ=255) cAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa < 1:1009373/41‑1 (MQ=255) cAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAata < 1:4356328/70‑1 (MQ=255) aGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCAt < 1:3881531/38‑1 (MQ=255) gAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAg > 1:7385140/1‑55 (MQ=255) aCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTa > 1:6662090/1‑36 (MQ=255) aCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:4066315/63‑1 (MQ=255) aCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:5624948/63‑1 (MQ=255) aCCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACaa < 1:1369857/63‑1 (MQ=255) ccTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCa < 1:2879175/48‑1 (MQ=255) cTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTcc < 1:2136413/46‑1 (MQ=255) cTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTcc < 1:682894/46‑1 (MQ=255) tAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAatat > 1:2345179/1‑63 (MQ=255) tAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAatat > 1:6536051/1‑63 (MQ=255) tAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAatat > 1:7524195/1‑63 (MQ=255) aaCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCg > 1:3939159/1‑71 (MQ=255) aaCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCg > 1:6555857/1‑71 (MQ=255) aCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTAcc < 1:4000903/69‑1 (MQ=255) aCTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGt > 1:6607667/1‑71 (MQ=255) cTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTa > 1:7687437/1‑66 (MQ=255) cTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGtt < 1:258931/71‑1 (MQ=255) cTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGtt < 1:4985887/71‑1 (MQ=255) tacgTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAgg < 1:7484137‑M2/42‑1 (MQ=255) acgTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAggt > 1:5194259‑M2/4‑46 (MQ=255) gTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTcc > 1:5601454‑M2/2‑37 (MQ=255) gTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAAc < 1:687797‑M2/39‑1 (MQ=255) gTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAAc < 1:5226536‑M2/39‑1 (MQ=255) gTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAAc < 1:7926326‑M2/39‑1 (MQ=255) | CAAGAATGTGTAGTCACGCAAGTTTAGCGTTTATGCATTTAATTGCCGTAATCAGGAACCTAACTTACGTAATTAACAGTCGCTTATGCATTAGCGCAACATTCCAACAGGTGGTGACAATATACCCTACCGTTCAGCCA > W3110S.gb/3384216‑3384355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |