| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 4523153 | 140 (1.720) | 9 (0.120) | 3/94 | NT | 5.8% | intergenic (‑236/‑56) | fecI/insA | RNA polymerase, sigma 19 factor/IS1 repressor protein InsA |
| ? | W3110S.gb | = 4523173 | 159 (2.040) | intergenic (‑256/‑36) | fecI/insA | RNA polymerase, sigma 19 factor/IS1 repressor protein InsA | |||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
ATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTC > W3110S.gb/4523103‑4523243 | atgTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACt < 1:3716478/71‑1 (MQ=255) tGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGAttt < 1:6705356/68‑1 (MQ=255) cTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAg > 1:1342813/1‑68 (MQ=255) attattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat > 1:947234/1‑71 (MQ=255) attattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat > 1:6116531/1‑71 (MQ=255) ttattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat > 1:571977/1‑70 (MQ=255) ttattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat > 1:1257198/1‑70 (MQ=255) ttattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat > 1:2473053/1‑70 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatga > 1:5738626/1‑71 (MQ=255) ttGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTg < 1:6623382‑M2/56‑2 (MQ=255) ttGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTg < 1:2926455‑M2/56‑2 (MQ=255) ttGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgatg < 1:1006897/71‑1 (MQ=255) aCATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGt < 1:2907378/70‑1 (MQ=255) cATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGa > 1:3464222/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAttt > 1:7642152/1‑71 (MQ=255) cTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTa > 1:6972917/1‑53 (MQ=255) cTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt < 1:6726917/71‑1 (MQ=255) cTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAttt < 1:1827187/70‑1 (MQ=255) cTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAttt < 1:3102220/70‑1 (MQ=255) tCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt > 1:6636802/1‑70 (MQ=255) tCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt < 1:984821/70‑1 (MQ=255) tCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGACAACTTACTGAtt > 1:7413566/1‑50 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt < 1:4858520/54‑1 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt < 1:1960356/54‑1 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:1048625/69‑1 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAg < 1:1366530/71‑1 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAg < 1:1736464/71‑1 (MQ=255) cTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGAt > 1:7085597/1‑46 (MQ=255) cTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg < 1:5672959/60‑1 (MQ=255) cTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg < 1:5077478/60‑1 (MQ=255) ccTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCt > 1:3941622/1‑71 (MQ=255) ccTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCt < 1:2182285/71‑1 (MQ=255) cTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:3251080/50‑1 (MQ=255) cTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:4342361/50‑1 (MQ=255) cTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:2499119/50‑1 (MQ=255) tAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt < 1:4269626/61‑1 (MQ=255) tAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtt < 1:1895501/59‑1 (MQ=255) tAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTg > 1:5686347/1‑71 (MQ=255) aaaTGATGGGGATTTCGGTAATGATGCCAACTTACTGATTTAGTGTATTATgg < 1:2663101/53‑1 (MQ=18) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt > 1:4452874/1‑60 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt > 1:22379/1‑60 (MQ=255) aaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAg < 1:7419986/62‑1 (MQ=255) aaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGc < 1:3830836/70‑1 (MQ=255) aaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCg > 1:881088/1‑71 (MQ=255) aaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCg > 1:525480/1‑71 (MQ=255) gATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat < 1:4780040/47‑1 (MQ=255) aTGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:5493567/1‑71 (MQ=255) aTGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:6093623/1‑71 (MQ=255) ggggATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCt < 1:2570167/70‑1 (MQ=255) gggATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttc > 1:7281921/1‑71 (MQ=255) ggATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAATGTGCTTGCGt < 1:7343574/64‑1 (MQ=255) ggATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGt < 1:5421677/64‑1 (MQ=255) ggATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATATTAAGGTGCTTGCGTGGCttc > 1:7072582/1‑70 (MQ=255) gATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTat < 1:4196548/38‑1 (MQ=255) tttCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatt > 1:1202763/1‑71 (MQ=255) ttCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:4476349/1‑49 (MQ=255) ttCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:2336263/1‑49 (MQ=255) ttCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatt > 1:2428918/1‑70 (MQ=255) tCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:6905776/47‑1 (MQ=255) tCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:5995410/47‑1 (MQ=255) tCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTg < 1:4533678/60‑1 (MQ=255) tCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccattt < 1:316659/70‑1 (MQ=255) tCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccat > 1:6444400/1‑68 (MQ=255) tCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccat > 1:7389827/1‑68 (MQ=255) cGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt > 1:2897587/1‑50 (MQ=255) cGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTg < 1:3368008/59‑1 (MQ=255) cGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTg < 1:7022600/59‑1 (MQ=255) cGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTg < 1:7176745/59‑1 (MQ=255) gTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatttccat > 1:1927903/1‑71 (MQ=255) aaTGCTGCCAACTTACTgaaatccccatcctttagggcagtgag < 1:1549761‑M2/44‑28 (MQ=255) aaTGCTGCCAACTTACTgaaatccccatcctttagggcagtgag < 1:2995279‑M2/44‑28 (MQ=255) aTGCTGCCAACTTACTgaaatccccatcctttagggcagt > 1:2293927‑M2/1‑16 (MQ=255) aTGCTGCCAACTTACTgaaatccccatcctttagggcagt > 1:7223087‑M2/1‑16 (MQ=255) aTGCTGCCAACTTACTgaaatccccatcctttagggcagt > 1:4939977‑M2/1‑16 (MQ=255) aTGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatttccat > 1:404882/1‑68 (MQ=255) aTGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAg < 1:4294963/71‑1 (MQ=255) gctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:1282458/39‑1 (MQ=255) gctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGc > 1:2538848/1‑49 (MQ=255) ctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:6272385/38‑1 (MQ=255) ctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:7681912/38‑1 (MQ=255) ctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:5295/38‑1 (MQ=255) ctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:2073967/38‑1 (MQ=255) ctgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATg < 1:5969565/71‑1 (MQ=255) tgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatttc > 1:4660093/1‑61 (MQ=255) tgcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatttc > 1:7097893/1‑61 (MQ=255) gcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt < 1:4675211/35‑1 (MQ=40) gcCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa < 1:1109276/36‑1 (MQ=255) ccAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:1033086/1‑36 (MQ=255) ccAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:5109040/1‑36 (MQ=255) ccAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:2080905/1‑36 (MQ=255) cAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGtcct > 1:4496870/1‑71 (MQ=255) cAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGtcct < 1:3051813/71‑1 (MQ=255) cAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGtcc < 1:2759605/70‑1 (MQ=255) aaCTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccatt < 1:1532134/55‑1 (MQ=255) aaCTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGtcctt < 1:7904485/71‑1 (MQ=255) aCTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGc < 1:830033/42‑1 (MQ=255) ttACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccat < 1:3624135/51‑1 (MQ=255) ttACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttccat < 1:6550726/51‑1 (MQ=255) aCTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTgg > 1:3995967/1‑42 (MQ=255) tGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTc > 1:7295711/1‑71 (MQ=255) | ATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTC > W3110S.gb/4523103‑4523243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |