| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 66 (1.430) | 40 (0.860) | 26/102 | NT | 37.6% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 67 (1.450) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809329‑2809467 | tcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCgg > 1:1239873‑M2/69‑71 (MQ=255) atataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCg > 1:3096522/1‑70 (MQ=255) cgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:1948475‑M2/68‑71 (MQ=255) gaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:663871‑M2/67‑71 (MQ=255) taACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCt > 1:1375989/1‑70 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:1901296‑M2/7‑1 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGaa < 1:361807/71‑1 (MQ=255) acaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt > 1:4058460/1‑70 (MQ=255) catgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:3842241‑M2/59‑68 (MQ=255) catgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:4276720‑M2/59‑68 (MQ=255) caAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCt < 1:4168352/63‑1 (MQ=255) caAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTaa < 1:3486215/71‑1 (MQ=255) caAGAATCATTTATCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTaa < 1:1409131/71‑1 (MQ=255) gAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:3142682/1‑69 (MQ=255) aaTCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTTCTATATCGGCTGAAAtt < 1:2720728/65‑1 (MQ=255) agtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAgg < 1:4091784‑M2/18‑1 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac < 1:2841973‑M2/1‑1 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTaa > 1:316282/1‑63 (MQ=255) tttttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:201039/71‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:421790‑M2/21‑1 (MQ=255) ttttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:2583392/1‑71 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt > 1:2766009/1‑66 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:4266111/1‑71 (MQ=255) ttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTGGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGa < 1:726046/62‑1 (MQ=255) gcaaatcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:330057‑M2/47‑71 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1445528‑M2/27‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:3794981‑M2/43‑71 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:1042730/1‑64 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:2332603/1‑70 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa < 1:3379528/70‑1 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:1358077/1‑70 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:133333/68‑1 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt > 1:2261411/1‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:3636084‑M2/41‑42 (MQ=255) aaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:1928179/71‑1 (MQ=255) aaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:58631/1‑71 (MQ=255) aaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:2435256/71‑1 (MQ=255) gcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTg < 1:141562‑M2/6‑1 (MQ=255) gcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTc > 1:2747473‑M2/37‑56 (MQ=255) gcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc < 1:1309385‑M2/24‑1 (MQ=255) gcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:711622‑M2/37‑69 (MQ=255) gcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:779456‑M2/37‑69 (MQ=255) aTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1486529/55‑1 (MQ=255) aTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:2494438/1‑69 (MQ=255) aCATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt < 1:1097682/48‑1 (MQ=255) aCATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt < 1:3933105/48‑1 (MQ=255) gaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:2773297‑M2/11‑1 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGaaa > 1:2500762/1‑42 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGt < 1:3700484/70‑1 (MQ=255) tttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1181512/58‑1 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2154908/1‑71 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2278694/1‑71 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:818682/70‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:2085288‑M2/29‑42 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaAGGCTGAAATTAAt > 1:1648280‑M2/29‑42 (MQ=255) aCTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTTaaa > 1:271259/1‑37 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2347144‑M2/21‑1 (MQ=255) tgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3236092‑M2/26‑38 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGc > 1:2664651/1‑71 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:1882224‑M2/15‑1 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3313726‑M2/24‑36 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:2808378‑M2/14‑1 (MQ=255) gaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa > 1:2506677‑M2/23‑38 (MQ=255) gaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3072965‑M2/42‑1 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:428972‑M2/50‑1 (MQ=255) tGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:2662654/70‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAg > 1:4003522‑M2/17‑52 (MQ=255) aCTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:4277771/1‑71 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGTATAGTTCGtt < 1:3588170/56‑1 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2049223/56‑1 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4064325/56‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGCATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaa < 1:1569655‑M2/58‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa < 1:2315580/71‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:1541499/69‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:2935783/69‑1 (MQ=255) ggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa > 1:3363809‑M2/13‑71 (MQ=255) gaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAt < 1:636930‑M2/60‑1 (MQ=255) gaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAt < 1:1967798‑M2/60‑1 (MQ=255) cGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAt > 1:3286851/1‑71 (MQ=255) gTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATgg < 1:2274240/42‑1 (MQ=255) ttACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2496271/51‑1 (MQ=255) tatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3549396‑M2/42‑1 (MQ=255) tatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1886532‑M2/42‑1 (MQ=255) aCTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGc > 1:652229/1‑69 (MQ=255) cTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa < 1:3476353/70‑1 (MQ=255) tataTCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGttt < 1:3964585/48‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4095138‑M2/42‑1 (MQ=255) atatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGtt > 1:3804414/1‑42 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAg < 1:3219667/39‑1 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa < 1:2345196/70‑1 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt > 1:1993117/1‑71 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt > 1:2414681/1‑71 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt > 1:3232661‑M2/3‑71 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:3733381/42‑1 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt > 1:1597656/1‑42 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:308137/1‑65 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAttt < 1:278406/71‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:4123673‑M2/48‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:2906540‑M2/69‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:573277/1‑44 (MQ=255) | TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809329‑2809467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |