| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2018583 | 2 (0.040) | 37 (0.720) | 24/94 | NT | 95.1% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCT > W3110S.gb/2520997‑2521128 | gTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAAt > 1:3862574/1‑71 (MQ=34) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATaa > 1:4703156/1‑65 (MQ=33) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATaa > 1:5053271/1‑65 (MQ=33) aaCGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTc < 1:174887/68‑1 (MQ=39) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAAt > 1:2136703/1‑58 (MQ=35) aCCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt > 1:1317469/1‑71 (MQ=255) gAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTAc > 1:4044679/1‑71 (MQ=255) gAGGCGTAGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtt < 1:4439164/64‑1 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGcc > 1:2914792/1‑71 (MQ=255) gCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGcc < 1:3897559/71‑1 (MQ=255) tCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttt < 1:779435/60‑1 (MQ=255) tCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGt < 1:470044/71‑1 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTa > 1:5079764/1‑62 (MQ=255) gCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGtt < 1:1651365/70‑1 (MQ=255) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttttt < 1:2250876/58‑1 (MQ=255) cATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTaa < 1:1130997/71‑1 (MQ=255) aTTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAAt < 1:2265487/71‑1 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAAt > 1:4963863/1‑70 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAAt > 1:4969759/1‑70 (MQ=255) ttcttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATc < 1:4241781/71‑1 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATaa > 1:2237442/1‑41 (MQ=35) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATaa > 1:420998/1‑41 (MQ=35) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAg > 1:3430436/1‑71 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAg > 1:10630/1‑71 (MQ=255) cttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAg > 1:2176592/1‑71 (MQ=255) ttcAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttttttt < 1:395681/55‑1 (MQ=255) cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt > 1:5072627/1‑52 (MQ=255) cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCt < 1:4447943/70‑1 (MQ=255) cAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCt < 1:3382554/70‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTa < 1:2128450/62‑1 (MQ=255) aGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTa < 1:4083703/70‑1 (MQ=255) aTGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCt < 1:864074/56‑1 (MQ=255) ttCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttt < 1:4824021/42‑1 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATgg > 1:417255/1‑67 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATgg > 1:1711335/1‑67 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATgg > 1:1705217/1‑67 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt < 1:2801614/42‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt < 1:2071120/42‑1 (MQ=255) aCCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGttttt > 1:3273598/1‑40 (MQ=255) cccTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCt < 1:103193/58‑1 (MQ=255) cTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTa < 1:586665/49‑1 (MQ=255) ttAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGtttttt < 1:201487/37‑1 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTa > 1:2328325/1‑55 (MQ=255) tAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGAc > 1:2467087/1‑70 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTg > 1:1868389/1‑43 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTg > 1:1967507/1‑43 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTg > 1:4410352/1‑43 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGt > 1:4378465/1‑44 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGt > 1:2583015/1‑44 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAAt > 1:2789247/1‑48 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAAt > 1:1033292/1‑48 (MQ=255) aaGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTaa > 1:1311982/1‑55 (MQ=255) aGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCaa < 1:848969/71‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCa < 1:2769364/70‑1 (MQ=255) aGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCa > 1:1085908/1‑70 (MQ=255) gcTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATa < 1:1144479/71‑1 (MQ=255) ttATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGa < 1:98405/58‑1 (MQ=255) tATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTaa < 1:4837662/36‑1 (MQ=255) tATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCaaa < 1:4593240/66‑1 (MQ=255) aTGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATAccc < 1:1007516/70‑1 (MQ=255) aTGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCt > 1:288085/1‑71 (MQ=255) tGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATg > 1:2496454/1‑44 (MQ=255) | GTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGATAATTCCCCGGTTTTTTTACGCCTGTTAATCAGCTAATGGCTGCGGGCGACCAATCAAATACCCT > W3110S.gb/2520997‑2521128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |