| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 2 (0.040) | 66 (1.240) | 39/98 | NT | 97.1% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
CACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > W3110S.gb/4056152‑4056284 | cACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCg > 1:2190299/1‑71 (MQ=255)cACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCg > 1:2363280/1‑71 (MQ=255) cTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGt < 1:867593/71‑1 (MQ=255) aaaCGAACTGAATATATTTTCTTTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:638132/1‑71 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:1461689/69‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:3392322/69‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:965394/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:3557742/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:4451534/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:2856287/1‑71 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1342160/71‑1 (MQ=255) aCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:4317773/70‑1 (MQ=255) aCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:5020718/70‑1 (MQ=255) tGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc > 1:2496184/1‑70 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAAc > 1:496164/1‑71 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAAc > 1:2677759/1‑71 (MQ=255) atatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:5013401/71‑1 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc > 1:2827060/1‑66 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:2116021/1‑57 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:3542035/1‑57 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTa < 1:1880779/70‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTa < 1:1063225/70‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAt > 1:2233642/1‑71 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAt > 1:3074578/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGt < 1:4477168/53‑1 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:1974073/1‑55 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACt > 1:3222555/1‑60 (MQ=255) tttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCg > 1:2855518/1‑50 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:3860355/1‑70 (MQ=255) 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gtgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg > 1:2766736/1‑71 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1810060/1‑51 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt > 1:804092/1‑71 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa < 1:3001992/71‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:2422878/54‑1 (MQ=38) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGt < 1:3729363/40‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGt < 1:4107342/40‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1126036/43‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc < 1:4406881/49‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc < 1:3796032/49‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc < 1:374117/49‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt < 1:749008/60‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg < 1:286070/71‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:2442001/1‑40 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:2439131/1‑40 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:3306653/1‑43 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt > 1:4006643/1‑51 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt > 1:3472408/1‑51 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt > 1:498514/1‑51 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt > 1:1569132/1‑51 (MQ=255) ttatCTCAAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1489985/1‑43 (MQ=255) tatCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:5090810/1‑70 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:4799199/1‑69 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:3469842/1‑69 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTGCAACTTATTGAt < 1:2120159/52‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:4557514/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2846911/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:3174448/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:3280707/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:1366593/1‑71 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:3704613/1‑71 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:2235104/1‑71 (MQ=255) tAATTTCAAAAAA‑GATACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:3839918/69‑1 (MQ=255) aTTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:1814589/1‑62 (MQ=255) aTTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:1661824/1‑62 (MQ=255) aTTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:2985124/1‑62 (MQ=255) ttCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGcc > 1:3053714/1‑71 (MQ=255) ttCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGcc > 1:3295116/1‑71 (MQ=255) ttCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGcc > 1:1614216/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:3044392/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:2186594/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:2619055/1‑71 (MQ=255) aaaaa‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:4616266/71‑1 (MQ=255) aaaa‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt > 1:4704665/1‑70 (MQ=255) aaaa‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt > 1:2561935/1‑70 (MQ=255) ttACTTTTAATGTCGGTAATTACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCTATGACttt < 1:2340067/71‑1 (MQ=255) ttACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACttt < 1:3272079/71‑1 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:2983994/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:112803/1‑71 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 1:4755377/70‑1 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 1:4328104/70‑1 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 1:3740398/70‑1 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 1:3961815/70‑1 (MQ=255) ttttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGAGTTTTATGTTCAg < 1:889686/49‑1 (MQ=255) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg > 1:409924/1‑71 (MQ=35) aaTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:4258688/1‑42 (MQ=35) | CACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAA‑GTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > W3110S.gb/4056152‑4056284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |