| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 274373 | NA (NA) | 146 (3.040) | 9/110 | 0.3 | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
| ? | W3110S.gb | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274312‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTG > W3110S.gb/576000‑576052 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2692921/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3814342/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:4074430/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3021552/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1514745/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3042631/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3139652/62‑1 CCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:4567397/62‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:2044624/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:170487/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:3426323/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:4089741/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:4446925/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:3047523/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:4635445/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:1210829/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:639727/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:1129194/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:768195/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:828527/1‑62 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:4491480/1‑61 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1675152/1‑61 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTAATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:3767141/1‑62 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:2110076/62‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:3878254/62‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:361707/62‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:1654716/62‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:1500287/62‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:4579495/62‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:993380/62‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3741352/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3209888/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3127964/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:473570/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:629358/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2921075/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2878406/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:130976/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1614992/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:144572/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1435836/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1367224/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:114633/1‑61 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:2167688/1‑60 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:2828986/1‑60 GGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2242298/52‑1 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCA > 1:542321/1‑62 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCA > 1:924703/1‑62 TCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:4214890/1‑49 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1016170/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:762393/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3594936/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3508451/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:420030/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3258155/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1083143/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1275248/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:570965/47‑1 CAGATGACAAACATGATCTCAAATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2098720/47‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGC > 1:4702705/1‑61 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGC > 1:2042391/1‑61 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:4489842/62‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:2650737/62‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:4167340/62‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:2847950/62‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:3345605/62‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTAC > 1:517000/1‑62 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTAC > 1:1008957/1‑62 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTAC > 1:3241366/1‑62 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:4617828/45‑1 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:2881111/1‑42 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:2310258/1‑42 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:4155505/1‑42 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:3312718/1‑42 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT > 1:3460754/1‑42 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGC > 1:2519538/1‑61 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGC > 1:2337664/1‑61 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAG > 1:3746854/1‑60 TCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:3514529/48‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:3407294/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:890110/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:822735/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:1122803/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:1180949/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:2406095/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:3805715/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:1862209/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:3711451/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:1421839/42‑1 ATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA < 1:4294581/42‑1 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA > 1:2266491/1‑42 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA > 1:2007759/1‑42 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA > 1:3487242/1‑42 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA > 1:2513674/1‑42 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA > 1:967929/1‑42 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA > 1:2028356/1‑42 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTAATGATGCAGCTACAGCAGA > 1:4191945/1‑42 CTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTT > 1:1498994/1‑62 CTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTT > 1:2474250/1‑62 CACCTTCCTTAGTACTGATGCATCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTG < 1:1521908/61‑1 CCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274312‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTG > W3110S.gb/576000‑576052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |