| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 43 (0.900) | 10/110 | 0.3 | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566050‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT < W3110S.gb/576913‑576853 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:259829/1‑62ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAAC > 1:2130536/1‑61ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAAC > 1:2456328/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:490461/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:4347846/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:4251537/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:3926936/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:3625981/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:320585/1‑61 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA > 1:3002554/1‑61 cGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA < 1:3214776/59‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA < 1:51971/60‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA < 1:3495373/60‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:1247567/1‑62 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:4084673/1‑62 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:3303419/1‑62 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:658073/62‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:236739/62‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:3545356/62‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:231008/62‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:3720720/62‑1 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC < 1:1750932/62‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG < 1:69494/62‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG < 1:330516/62‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG < 1:3660771/62‑1 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:2852300/42‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:1980358/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:657562/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:4306465/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:4136915/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:3965850/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:2242204/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:268296/1‑51 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:2934141/1‑51 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:1897936/62‑1 AAGTGATTACCACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:531312/61‑1 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:2935382/1‑62 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:4176356/1‑62 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:4237030/1‑62 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:3940065/1‑62 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:4603555/1‑62 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT > 1:1597617/1‑62 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:1010334/61‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566050‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTT < W3110S.gb/576913‑576853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |