Missing coverage evidence...
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ATATTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGT  >  W3110S.gb/4016994‑4017054                                                             | atatTAGCATGAACTCTGCAGAGATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:217152/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:165722/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:947634/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:901459/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:865265/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:773834/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:697652/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:655423/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:638776/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:587959/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:267065/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:237352/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1457194/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1252208/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1009229/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1204196/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1355312/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1264196/61‑1 (MQ=255) atatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1275745/61‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1301382/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:182179/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:277144/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:349949/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1006478/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1230081/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1186475/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1166929/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1127531/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:908979/60‑1 (MQ=255)  tatTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1395916/60‑1 (MQ=255)      aCCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:886733/56‑1 (MQ=255)       ccATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1343186/55‑1 (MQ=255)          tGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGt  <  1:1207350/52‑1 (MQ=255)                                                             | ATATTACCATGAACTCTGCAGACATTAGGTAATCCTTTTCTGTTTGTTATTTCCTTCCCGT  >  W3110S.gb/4016994‑4017054

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑