Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	16962	17047	86	50 [0]	[0] 35	mokC/nhaA	regulatory protein for HokC, overlaps CDS of hokC/sodium‑proton antiporter

TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATA  >  W3110S.gb/16907‑16961                                                       | tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:655693/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:503189/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:516327/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:537955/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:546755/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:58926/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:604019/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:610955/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:611617/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:613464/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:633919/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:634853/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1112262/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:662849/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:689752/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:717564/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:766625/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:772682/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:857667/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:912462/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:914916/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:929988/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:934809/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:960640/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:466542/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1006927/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1158105/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:117983/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1194390/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1205358/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1207102/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1213738/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1248490/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1262841/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1284310/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1286062/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1332191/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1355162/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1372812/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:1462895/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:209578/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:215230/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:281297/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:289796/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:392437/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:461901/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:47134/1‑55 (MQ=255) tctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAACAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:545052/1‑55 (MQ=255) tctctTC‑CCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:984437/1‑54 (MQ=255) tctcgTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCata  >  1:807072/1‑55 (MQ=255)                                                       | TCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATA  >  W3110S.gb/16907‑16961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑