Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4550175	4550299	125	39 [0]	[0] 28	fimD	outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis

GCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATG  >  W3110S.gb/4550113‑4550174                                                              | gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTTCTGGCGgatg  <  1:670176/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGTCGgatg  <  1:556393/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:558123/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:252174/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:265801/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:347197/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:370366/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:430383/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:458350/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:548427/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1004967/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:704140/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:759797/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:761891/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:789527/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:791174/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:839245/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1010425/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1437578/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1331255/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1019029/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1066901/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1324125/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1104018/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1323790/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1134408/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1147998/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1167767/62‑1 (MQ=255) gcAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1157397/62‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTTCTGGCGgatg  <  1:245612/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:237673/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1179279/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1201305/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:418386/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:132489/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:26595/61‑1 (MQ=255)  cAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1437726/61‑1 (MQ=255)       cGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:850330/56‑1 (MQ=255)                      taaTACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGgatg  <  1:1008682/40‑1 (MQ=255)                                                              | GCAACTCGCCAGTATGGGGCTGAATACGGCTTCTGTCGCCGGTATGAATCTGCTGGCGGATG  >  W3110S.gb/4550113‑4550174

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑