Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1201405	1201508	104	10 [0]	[0] 39	intE	predicted integrase

GTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCG  >  W3110S.gb/1201344‑1201404                                                             | gtgtCTAACCCCTGTTCTTTTTACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:515415/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:1031408/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:1131139/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:1257490/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:33058/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:534609/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:640830/61‑1 (MQ=255) gtgtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:70901/61‑1 (MQ=255)   gtCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:847572/59‑1 (MQ=255)    tCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg  <  1:1393623/58‑1 (MQ=255)                                                             | GTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCG  >  W3110S.gb/1201344‑1201404

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑