Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1201405	1201508	104	10 [0]	[0] 39	intE	predicted integrase

GTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCGG  >  W3110S.gb/1201509‑1201562 |                                                      gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTTACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1222052/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACTGCAGCgg  <  1:1038971/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGctg  <  1:460854/54‑3 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1276881/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:99014/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1399973/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1419368/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:144216/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:179162/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:245755/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:340612/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:340893/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:381049/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:386845/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:505171/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:541735/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:837326/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:953083/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:965833/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:967395/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1005960/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1166477/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1044238/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:104511/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1079405/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1082704/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1087074/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:114217/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1156305/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1162028/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1265391/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1168666/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1181126/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1198188/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1212185/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1218596/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1224314/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1245224/54‑1 (MQ=255) gTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCgg  <  1:1255102/54‑1 (MQ=255) |                                                      GTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCGG  >  W3110S.gb/1201509‑1201562

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑