Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2075868	2075877	10	58 [0]	[0] 48	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

CCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCG  >  W3110S.gb/2075807‑2075867                                                             | atcTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:531075/59‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:720752/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:376284/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1007597/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:411667/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:413079/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:416204/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:423966/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:448564/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:49312/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:50201/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:607707/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:630281/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:677156/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:389186/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:749366/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:772060/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:772639/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:777100/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:797337/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:815644/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:840064/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:884231/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:914137/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:916877/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:947235/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:982052/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:991644/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1365963/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1017275/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:102071/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1135410/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1162073/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1170112/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:117950/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1187270/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:118891/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:120912/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1340913/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1357317/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1358878/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:349137/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1372439/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1375841/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1377385/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:138930/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:173534/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:194616/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:235592/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:29548/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:322650/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:338285/54‑1 (MQ=255)        tGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATAACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:1381074/54‑1 (MQ=255)         gCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:460080/53‑1 (MQ=255)          ccTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:196624/52‑1 (MQ=255)           cTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:14472/51‑1 (MQ=255)                  cTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:979267/44‑1 (MQ=255)                           gCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCg  <  1:772015/35‑1 (MQ=255)                                                             | CCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCG  >  W3110S.gb/2075807‑2075867

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑