Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2099976	2100068	93	39 [0]	[0] 9	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

CGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAA  >  W3110S.gb/2099915‑2099975                                                             | cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:627844/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:294460/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:297459/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:349912/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:411485/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:476482/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:498678/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:599663/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:619334/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1030237/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:637850/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:646972/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:671818/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:675159/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:677461/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:702425/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:751795/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1440211/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1024931/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1042666/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1059981/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1066598/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1067666/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1076698/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1077746/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1112795/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1116903/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1259608/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1292489/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:133968/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1343964/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1358054/61‑1 (MQ=255) cGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:234930/61‑1 (MQ=255)  gTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:5897/60‑1 (MQ=255)  gTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:482634/60‑1 (MQ=255)  gTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:666628/60‑1 (MQ=255)        gagCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:1169839/54‑1 (MQ=255)             aTGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:810267/49‑1 (MQ=255)               gttgtCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCaa  <  1:58766/47‑1 (MQ=255)                                                             | CGTCCCAGAGCAATGTTGTCTTTGAGATCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAA  >  W3110S.gb/2099915‑2099975

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑