Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4544676	4544879	204	39 [0]	[0] 80	yjhA/fimB	N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA

ATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGT  >  W3110S.gb/4544880‑4544937 |                                                          aTTCTCATCATGAATTATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTTGTCACTTCTGAAGt  <  1:288902/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTTTGGCTTGTAACTGGTCATTTCTGAAGt  <  1:751751/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGTCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:80580/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:509948/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:620346/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:617351/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:607379/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:574015/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:54044/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:538860/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:536122/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:515678/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:510592/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:669317/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:490010/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:42287/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:417079/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:404947/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:397840/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:377767/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:376811/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:780523/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:99284/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:974110/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:955817/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:910730/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:903110/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:873893/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:83934/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:80577/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:787120/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:653812/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:7757/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:768583/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:759247/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:737424/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:728005/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:706721/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:696715/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:350555/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1276594/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1390158/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1382832/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1364453/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1361102/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1359763/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1335941/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:132147/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1305903/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1299574/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:139309/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1270730/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1263158/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1230453/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1183393/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1169710/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1139329/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1131229/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1073606/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1024001/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:200195/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:34598/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:314318/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:305944/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:242667/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:232166/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:23194/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:217748/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:214795/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1010608/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:188076/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:169939/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:166303/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:15444/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1453265/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1442996/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1442016/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1439373/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:1436805/58‑1 (MQ=255) aTTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCGTGTAACTGGTCACTTCTGAAGt  <  1:398593/58‑1 (MQ=255) |                                                          ATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGT  >  W3110S.gb/4544880‑4544937

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑