Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140549	1140695	147	53 [0]	[0] 45	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

CCTTCCAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGC  >  W3110S.gb/1140696‑1140730 |                                   ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:644627/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:413725/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:414758/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:439996/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:468031/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:46819/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:541070/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:576247/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:583919/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:58736/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:589167/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:627961/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:366367/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:655642/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:727522/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:729048/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:772756/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:800429/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:862814/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:87517/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:976612/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:980960/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:995423/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:139426/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:101821/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1060549/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1074031/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1091924/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1129703/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1168698/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:119810/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1206682/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1219732/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:123567/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1000189/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1398887/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1455164/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:1468396/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:169312/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:180461/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:209556/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:224779/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:248457/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:328041/35‑1 (MQ=255) ccttccAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGc  <  1:337702/35‑1 (MQ=255) |                                   CCTTCCAGCGCTGACCCTTCTCGTACGACTGTCGC  >  W3110S.gb/1140696‑1140730

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑