| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 47 (1.660) | 9/108 | 0.1 | 85.5% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 8 (0.280) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
GTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCC > W3110S.gb/3748753‑3748860 | gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAccc > 1:2611470‑M1/47‑62 (MQ=255) ggTTTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:2166178‑M2/1‑50 (MQ=255) ggTTTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:2826937‑M2/1‑50 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:702287‑M2/1‑50 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:2725043‑M2/1‑50 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:1370727‑M2/1‑50 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:3055632‑M2/1‑50 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:701892‑M1/20‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1165475‑M1/20‑1 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc > 1:49655‑M2/1‑49 (MQ=255) aCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg < 1:196241‑M2/62‑22 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:2761058‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:2963098‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:676888‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:3039719‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:564874‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:741184‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:1766326‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:102913‑M2/1‑40 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaac > 1:2340205‑M2/1‑40 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat < 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(MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1099563‑M2/62‑47 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:12100‑M2/62‑47 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1405131‑M2/62‑47 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1443919‑M2/62‑47 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1550637‑M2/62‑47 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:2135634‑M2/62‑47 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga < 1:1674876‑M2/62‑47 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:394651‑M2/1‑15 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:476309‑M2/1‑15 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:850108‑M2/1‑15 (MQ=255) ttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:2063860‑M2/1‑15 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:1021076/61‑1 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:2995059/61‑1 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:744961/61‑1 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:1966650‑M2/1‑7 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:1487236‑M2/1‑7 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:2422548‑M2/1‑7 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:54356‑M2/1‑7 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:2935957‑M2/1‑7 (MQ=255) aataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:2939824‑M2/1‑7 (MQ=255) ataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:2915171‑M2/1‑6 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:1622011/40‑1 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:2590319/40‑1 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:260237/40‑1 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:1009902/40‑1 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:927670/40‑1 (MQ=255) | GTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCC > W3110S.gb/3748753‑3748860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |