| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 70061 = | 11 (0.340) | 245 (9.440) +CGCGTACAACT |
9/90 | 0.0 | 93.6% | intergenic (‑13/‑326) | araB/araC | L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| ? | W3110S.gb | 236044 = | 31 (0.960) | intergenic (‑42/‑23) | rnhA/dnaQ | ribonuclease HI, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III epsilon subunit | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCC > W3110S.gb/70008‑70122 | gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1620360‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2432326‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2482169‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2565587‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2673613‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2085702‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1832840‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:305019‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1673‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:595065‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:621408‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:626125‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1545006‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1402868‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:859838‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1294718‑M1/54‑60 (MQ=255)gtgtaattgcagtgcgcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:390508‑M1/54‑60 (MQ=255) tgtaattgcagtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1846926‑M1/53‑59 (MQ=255) agtgctcatagtggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:2168733‑M1/44‑61 (MQ=255) agtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:1148502‑M1/44‑61 (MQ=255) agtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:1421028‑M1/44‑61 (MQ=255) agtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:731469‑M1/44‑61 (MQ=255) agtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:1872578‑M1/44‑61 (MQ=255) agtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:1914339‑M1/44‑61 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1144908‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2817661‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2699190‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:939409‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1123251‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2261185‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:2291290‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1009871‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:455716‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:77650‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:764117‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1611853‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:880815‑M1/43‑49 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTatgta > 1:2861908‑M1/43‑60 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATg > 1:999035‑M1/43‑60 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1209911‑M1/43‑62 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:803642‑M1/43‑62 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1498155‑M1/43‑62 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:2589534‑M1/43‑62 (MQ=255) gtgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1386438‑M1/43‑62 (MQ=255) tgctcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:499722‑M1/42‑48 (MQ=255) tcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGgaga < 1:2682773‑M1/22‑1 (MQ=255) tcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGgaga < 1:655679‑M1/22‑1 (MQ=255) tcatagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGgaga < 1:963270‑M1/22‑1 (MQ=255) tagcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCaaaa > 1:1040972‑M1/36‑42 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:2439717‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1084121‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1216998‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:14071‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:695969‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:38522‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:356868‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:311930‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:2923973‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:2120846‑M1/34‑53 (MQ=255) gcggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:2219286‑M1/34‑53 (MQ=255) cggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAg < 1:1447145‑M1/27‑1 (MQ=255) cggtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAg < 1:420968‑M1/27‑1 (MQ=255) gtcatttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:132441‑M1/31‑50 (MQ=255) tcatttatgtcagacttgagttgtacgagTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1706492‑M1/30‑49 (MQ=255) atttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGga > 1:1649118‑M1/28‑47 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2114694‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:107099‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:1357575‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:236962‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2521585‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2549201‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:337873‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:1805326‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2068676‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2917224‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2766484‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2792317‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:1942977‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGtt < 1:2001770‑M1/36‑1 (MQ=255) tttatgtcagacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGt < 1:2735673‑M1/35‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:836706‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:1312244‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:920789‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:1489974‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:924249‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:1174589‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:2898543‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa < 1:99077‑M1/45‑1 (MQ=255) gacttgagttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaa < 1:55049‑M1/44‑1 (MQ=255) gCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGgag > 1:1743388/1‑38 (MQ=255) gCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa > 1:2375313/1‑62 (MQ=255) gCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATaaaa > 1:2341869/1‑62 (MQ=255) gttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCgtt > 1:1766190‑M1/11‑60 (MQ=255) gttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTc > 1:725359‑M1/11‑61 (MQ=255) gttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTc > 1:514739‑M1/11‑61 (MQ=255) gttgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTc > 1:2638612‑M1/11‑61 (MQ=255) tgtacgcgTCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCa < 1:2745094‑M1/52‑1 (MQ=255) tccaAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATcc > 1:2471394/1‑62 (MQ=255) tccaAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATcc > 1:1568829/1‑62 (MQ=255) tccaAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATcc > 1:1628290/1‑62 (MQ=255) | ACAGAATCACTGCCAAAATCGAGGCCAATTGCAATCGCCATCGTTTCACTCCATCCAAAAAAACGGGTATGGAGAAACAGTAGAGAGTTGCGATAAAAAGCGTCAGGTAGGATCC > W3110S.gb/70008‑70122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |