Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2006371	2006396	26	24 [0]	[0] 39	fliD	flagellar filament capping protein

CACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAT  >  W3110S.gb/2006335‑2006370                                    | cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2275104/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:799751/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:761297/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:421452/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2891553/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2846528/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2764348/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2692154/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2676271/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2632660/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2444961/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2234300/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2227554/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:2206860/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1914263/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1811221/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1801363/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1680249/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1543677/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1430203/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1256795/36‑1 (MQ=255) cACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1214126/36‑1 (MQ=255)  aCGCGCACCACCAGAGACGATACTAAAACGGCGAt  <  1:2276370/35‑1 (MQ=255)  aCGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAt  <  1:1044212/35‑1 (MQ=255)                                    | CACGCGCACCACCAGAGACGATACGAAAACGGCGAT  >  W3110S.gb/2006335‑2006370

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑