Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2015031	2015042	12	29 [0]	[0] 10	fliE	flagellar basal‑body component

GAGAGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCG  >  W3110S.gb/2014969‑2015030                                                              | gagaGTGAATTTTTCTGGCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:458797/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2091431/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:981323/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:810410/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2858481/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2750988/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:255688/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2507194/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2475403/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2439371/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2319029/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2233570/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2221040/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1178853/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1994753/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1966339/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1724267/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1706263/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1699004/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1689577/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1650066/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1632551/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1513627/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1472125/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1332042/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:129137/62‑1 (MQ=255) gagaGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:1245172/62‑1 (MQ=255)  agagTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:2521215/61‑1 (MQ=255)  agagTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAgcg  <  1:843563/61‑1 (MQ=255)                                                              | GAGAGTGAATTTTTCTGCCTGCGTGCGGGCAGCTGTTTGTGTATCACTAATGCGATCGAGCG  >  W3110S.gb/2014969‑2015030

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑