Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2074110	2074165	56	18 [0]	[0] 24	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

CCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACG  >  W3110S.gb/2074048‑2074109                                                              | cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1139685/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:782759/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:717623/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:700870/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:674627/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:450879/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:295930/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:2091982/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:2013663/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1813720/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:170429/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1428170/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1421496/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1266498/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1265001/62‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:1097910/62‑1 (MQ=255)  ccGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:2033567/61‑1 (MQ=255)                           tATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACg  <  1:230369/36‑1 (MQ=255)                                                              | CCCGGTGGAAGTGTCTCAGACACGGTTATCAGTGCCGGAGGCGGACAGAGCCTTCAGGGACG  >  W3110S.gb/2074048‑2074109

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑