Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	294950	294960	11	25 [0]	[0] 34	intF	predicted phage integrase

CATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACG  >  W3110S.gb/294961‑295021 |                                                             cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:1422100/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:942523/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:606170/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2352755/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2315334/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2298120/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2248068/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2216721/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2025965/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:2019249/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:1990997/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:1856122/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:1905650/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:1761203/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:175181/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGgac      >  1:1678789/1‑57 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:954284/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:1027329/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:767565/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:725657/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:665984/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:662133/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:1554360/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:499976/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:2860874/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:2750790/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:2509967/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:1745445/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:1800547/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:2176064/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:2073987/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:1824313/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGacgacg  >  1:182799/1‑61 (MQ=255) cATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACACATCTAACGGacgacg  >  1:2904032/1‑61 (MQ=255) |                                                             CATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACG  >  W3110S.gb/294961‑295021

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑