Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1134213	1134228	16	28 [0]	[0] 19	flgE	flagellar hook protein

TCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGA  >  W3110S.gb/1134229‑1134289 |                                                             tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:226985/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:811241/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:768489/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:590573/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:563145/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:2660691/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:2561674/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:2439557/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:2412832/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:2306910/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1223730/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:2074504/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1975228/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1891150/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1796133/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1782660/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1777298/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1770293/61‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGa  <  1:1734548/61‑1 (MQ=255) |                                                             TCCGCCACCTACGGCTTTAAATCAGGCACGGCCTCTTTTGCCGATATGTTTGCCGGTTCGA  >  W3110S.gb/1134229‑1134289

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑