Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1433237	1433240	4	22 [0]	[0] 25	stfR	predicted tail fiber protein

GCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGC  >  W3110S.gb/1433241‑1433300 |                                                            gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2128266/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:929831/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:704268/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:686159/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:381651/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:35612/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2925005/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2922472/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2704340/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2663469/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2619681/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2412793/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2255911/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1138351/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:212448/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:2018230/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1975683/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1959898/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1865849/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1780235/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1746108/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1685524/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1480632/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1431568/1‑60 (MQ=255) gCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGc  >  1:1223878/1‑60 (MQ=255) |                                                            GCGGATGGTGGCGTTCCATGGAATGCCGAATCTGGCGCTTACAATGTCACCCGCTCTGGC  >  W3110S.gb/1433241‑1433300

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑