Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	565005	565043	39	63 [0]	[0] 32	intD	predicted integrase

GCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGC  >  W3110S.gb/564943‑565004                                                              | gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:72330/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:21105/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1007794/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:243778/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:408852/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:411456/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:420028/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:452183/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:468586/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:508613/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:51036/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:567162/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:586099/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:619779/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:698866/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:232987/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:724519/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:73357/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:74906/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:749665/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:77930/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:83964/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:856500/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:876466/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:879147/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:881249/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:886874/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:934136/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:971411/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1365965/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1009721/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:101044/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1128444/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1197923/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1215961/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1255832/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1255833/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1286867/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1310855/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1333474/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1334219/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1335127/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1335891/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:190732/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:137061/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1490148/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:165195/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:163950/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1589873/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1517665/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1374890/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1482613/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1442466/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1428682/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1412030/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1399176/62‑1 (MQ=255) gCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1396362/62‑1 (MQ=255)  ccAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:50764/61‑1 (MQ=255)  ccAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:404399/61‑1 (MQ=255)  ccAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:267223/61‑1 (MQ=255)  ccAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:1082511/61‑1 (MQ=255)   cAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:883571/60‑1 (MQ=255)                ggCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGc  <  1:762123/47‑1 (MQ=255)                                                              | GCCAGAACTCAATCCGGCTTTTATCTGAATCGAGAGATTTTTTATCAGCTTTTTCCTCAAGC  >  W3110S.gb/564943‑565004

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑