Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	565005	565043	39	63 [0]	[0] 32	intD	predicted integrase

TCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTG  >  W3110S.gb/565044‑565105 |                                                              tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCg                          >  1:982437/1‑38 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTg                      >  1:1311032/1‑42 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTc                    >  1:260097/1‑44 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGc                >  1:662263/1‑48 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCGACTCCTGAGCTTg  >  1:1374749/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGCGCTTg  >  1:431691/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCt    >  1:1367371/1‑60 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:851431/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:814474/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:802330/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:772464/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:765386/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:751227/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:715694/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:702211/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:954938/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:639455/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:393420/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:502231/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1158773/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:346004/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:308101/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:24298/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:191921/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1549634/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1536083/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1501456/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1464900/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1404271/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1356225/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:1295186/1‑62 (MQ=255) tCCCCTAGCTTTTCTACTCGACAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTg  >  1:616729/1‑62 (MQ=255) |                                                              TCCCCTAGCTTTTCTACTCGCCAGAGTTCTGCTTTTCGCTTGTCGTGCAACTCCTGAGCTTG  >  W3110S.gb/565044‑565105

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑