Missing coverage evidence...
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ATCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCGG  >  W3110S.gb/1174843‑1174904 |                                                              aTCGCGCCACTGGCTGCGGAATAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1420497/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:247232/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:245389/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:293415/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:294919/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:322956/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:348831/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:384548/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:415386/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:473253/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:582395/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:609963/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:639532/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:709621/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:782220/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:865145/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:916233/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:918306/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:950910/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:969836/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1462943/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1026954/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1044323/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1104788/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1164584/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1354120/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1363116/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1363221/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1390060/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1011852/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1488863/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1521791/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1544827/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1547767/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1549956/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1605049/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1609166/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:179633/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGGCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:1226959/62‑1 (MQ=255) aTCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGGCGGAAATTCGTGCGCgg  <  1:320500/62‑1 (MQ=255) |                                                              ATCGCGCCACTGGCTGCGGAACAGTTCAATTGCCGCTTTATCGGTCGGAAATTCGTGCGCGG  >  W3110S.gb/1174843‑1174904

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑