Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2004698	2004779	82	94 [0]	[0] 21	fliC	flagellar filament structural protein

CTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAG  >  W3110S.gb/2004780‑2004835 |                                                        cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTTCAGTTTTACTAAg  <  1:174360/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:324180/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:979565/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:960331/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:755377/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:637341/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:626928/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:535585/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:51015/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:374248/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:374041/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:343999/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1008338/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:294794/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1634431/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1511297/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1469945/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1383128/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1180404/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1145277/56‑1 (MQ=255) cTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAg  <  1:1138809/56‑1 (MQ=255) |                                                        CTTTAAGCGCATATGTATCGGTATCATTACCCTTGGAATCCTGCAGTTTTACTAAG  >  W3110S.gb/2004780‑2004835

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑