| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 50 (0.980) | 62 (1.220) | 38/102 | NT | 50.4% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 72 (1.420) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713891‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809398‑2809467 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:2204907/71‑1ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTG > 1:2092734/1‑70 CATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:410124/71‑1 CATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:1980540/68‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:4573750/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:3943359/1‑70 TCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTA < 1:3517709/71‑1 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:4482162/1‑71 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:2714638/1‑68 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:4709616/1‑67 CAGTCGATGCAATTCCCGGCTGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA < 1:3823304/70‑1 CAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA < 1:2603475/70‑1 CGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:4643448/1‑59 GATTCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:2458938/70‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT < 1:3205039/71‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT < 1:805654/71‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:2825272/70‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:3599035/70‑1 GCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:4223322/61‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCC > 1:879350/1‑70 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:2896427/71‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA < 1:2731216/71‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA < 1:3206579/71‑1 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:4218137/1‑71 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:964975/1‑55 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:2104621/1‑50 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT > 1:2035746/1‑50 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAC > 1:3667600/1‑41 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:3235115/71‑1 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA < 1:4336366/55‑1 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:3049140/1‑51 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:3440211/1‑51 GCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA > 1:4367084/1‑69 GAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:4354896/40‑1 AATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC > 1:225918/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG < 1:3054836/71‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG < 1:825331/71‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:550359/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:3219368/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:2934082/1‑60 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:3046702/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:470675/56‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA < 1:1332928/71‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:2742809/41‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:3894961/41‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:1068039/41‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:2390824/68‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:2605631/36‑1 AAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG > 1:1027977/1‑53 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAT > 1:869595/1‑71 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT < 1:1682184/71‑1 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:2977261/1‑48 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAG > 1:3118078/1‑36 GTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAG < 1:314579/35‑1 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:2592124/1‑71 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:3573815/1‑71 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAA > 1:72442/1‑70 GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAA < 1:2725065/71‑1 GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAG < 1:672991/48‑1 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATG > 1:3222112/1‑71 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:2815018/1‑54 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:3948473/1‑54 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCT < 1:2059571/71‑1 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:2826061/1‑71 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAT > 1:2725239/1‑71 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:4650276/1‑46 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > 1:3675653/1‑71 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA < 1:1796797/68‑1 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713891‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809398‑2809467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |