| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 50 (0.980) | 62 (1.220) | 38/102 | NT | 50.4% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 72 (1.420) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809328‑2809467 | ttATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATc > 1:4548573/1‑71 (MQ=255) tatataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCg > 1:3332038/1‑71 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:2204907‑M2/7‑1 (MQ=255) aaCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTg > 1:3913687/1‑70 (MQ=255) catcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:1980540‑M2/7‑1 (MQ=255) catcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt < 1:410124‑M2/10‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:1043080/71‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:3378837/71‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:3945224/71‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:4693469/71‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:4573750‑M2/11‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:3943359‑M2/61‑70 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:3517709‑M2/12‑1 (MQ=255) acaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCg > 1:3658274/1‑61 (MQ=255) catgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:2714638‑M2/59‑68 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:4709616‑M2/58‑67 (MQ=255) cagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa < 1:2603475‑M2/16‑1 (MQ=255) aTCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAgg < 1:2096638/71‑1 (MQ=255) tCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1818036/71‑1 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:3089276/1‑71 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:964927/1‑71 (MQ=255) gattcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2458938‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2825272‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:3205039‑M2/22‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:805654‑M2/22‑1 (MQ=255) ttttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:3957997/1‑71 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:69018/1‑70 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:2174551/1‑71 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:3008679/1‑71 (MQ=255) ttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:3212406/1‑71 (MQ=255) gcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:4223322‑M2/15‑1 (MQ=255) aattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAccc > 1:879350‑M2/45‑70 (MQ=255) attcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:2896427‑M2/28‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa < 1:3206579‑M2/29‑1 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt > 1:4218137‑M2/42‑71 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:4284687/68‑1 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac > 1:3667600‑M2/41‑41 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:2104621‑M2/41‑50 (MQ=255) ccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa < 1:4336366‑M2/16‑1 (MQ=255) aCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:149261/1‑70 (MQ=255) cAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:2295893/1‑62 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:3049140‑M2/38‑51 (MQ=255) aTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:2379632/1‑69 (MQ=255) gaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:4354896‑M2/7‑1 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:706754/1‑54 (MQ=255) aTTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:4418152/43‑1 (MQ=255) tttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2980512/52‑1 (MQ=255) tttACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:3381324/71‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:2934082‑M2/32‑60 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:825331‑M2/40‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg > 1:550359‑M2/32‑71 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg > 1:3219368‑M2/32‑71 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:1748287/1‑53 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3046702‑M2/42‑1 (MQ=255) aCTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1588262/70‑1 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:2742809‑M2/14‑1 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:1068039‑M2/14‑1 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:3894961‑M2/14‑1 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa < 1:1332928‑M2/44‑1 (MQ=255) tttATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:3120202/48‑1 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt < 1:2605631‑M2/10‑1 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:2362003/1‑47 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:231222/1‑48 (MQ=255) tATTTGTCACTGTCGTTACTATATCCGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:3268832/1‑47 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTaa > 1:3528516/1‑35 (MQ=255) aaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATgg > 1:1027977‑M2/22‑53 (MQ=255) ggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAtt < 1:1682184‑M2/52‑1 (MQ=255) cACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACg > 1:1795822/1‑63 (MQ=255) cACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc > 1:2695859/1‑65 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:3573815‑M2/17‑71 (MQ=255) aCTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:378038/1‑39 (MQ=255) aCTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:2479900/1‑39 (MQ=255) aCTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:1920233/1‑39 (MQ=255) aCTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGa < 1:639092/70‑1 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:72442‑M2/16‑70 (MQ=255) cTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:27753/46‑1 (MQ=255) cTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc < 1:4417903/71‑1 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt < 1:4289849/36‑1 (MQ=255) gTCGTTAATATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa > 1:2177308/1‑70 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:327571/1‑41 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGt > 1:2528507/1‑49 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:740127/1‑56 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4100224/1‑56 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaa < 1:3113811/70‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:3314063/69‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:2045443/69‑1 (MQ=255) ggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa < 1:2725065‑M2/59‑1 (MQ=255) gTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATg > 1:1851648/1‑71 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:3948473‑M2/11‑54 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATg > 1:3222112‑M2/11‑71 (MQ=255) ttACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:3455980/43‑1 (MQ=255) ctatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCt < 1:2059571‑M2/63‑1 (MQ=255) tataTCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:616039/36‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa > 1:2826061‑M2/5‑71 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt > 1:2725239‑M2/4‑71 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4650276‑M2/3‑46 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2579613/43‑1 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa < 1:3135435/68‑1 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:2256299/70‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAttt > 1:3675653‑M2/2‑71 (MQ=255) | TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > W3110S.gb/2809328‑2809467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |