| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 7 (0.140) | 61 (1.200) | 39/102 | NT | 89.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748729‑3748869 | ggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:3345974‑M1/1‑1 (MQ=255) ggTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt > 1:64366/1‑70 (MQ=255) tgtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat < 1:3513281/71‑1 (MQ=255) tgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat > 1:1178501‑M1/66‑70 (MQ=255) ttACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaata < 1:2125073/70‑1 (MQ=255) gcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa < 1:2371323‑M1/7‑1 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa < 1:2677615‑M1/7‑1 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:4175844‑M1/63‑71 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataac < 1:1126135‑M1/8‑1 (MQ=255) tgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:2032005‑M1/10‑1 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat < 1:4631288/66‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat < 1:3198772‑M1/11‑1 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:3985164‑M1/13‑1 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:900864‑M1/13‑1 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1458758‑M2/70‑4 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat > 1:1318240‑M2/1‑64 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac > 1:4015058/1‑61 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac > 1:3467190/1‑61 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa < 1:4423348‑M1/7‑1 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa < 1:493425‑M1/7‑1 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc > 1:2741490‑M1/51‑51 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:1007077‑M1/46‑71 (MQ=255) ttatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat > 1:3336996‑M1/44‑48 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:3909118‑M2/70‑19 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:3547112‑M1/10‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:2498777‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga > 1:981705‑M2/1‑49 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga < 1:1945557‑M2/71‑23 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa < 1:3005157/44‑1 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:1673300‑M2/56‑12 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:1724040‑M1/13‑1 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc > 1:3844371‑M1/37‑51 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGa > 1:555168‑M1/37‑67 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:3716868‑M1/36‑71 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:337892‑M1/36‑71 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaata > 1:876583‑M1/34‑39 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:1447259‑M1/34‑65 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:4546473‑M2/1‑42 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt > 1:3266733‑M1/33‑53 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:4326448‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:2845994‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:1047765‑M2/68‑29 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:4379015‑M2/45‑6 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:945757‑M2/1‑40 (MQ=255) tGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:3669082‑M2/65‑27 (MQ=255) tGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:757953‑M2/1‑39 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa < 1:820224‑M1/23‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg < 1:2698304‑M1/38‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:3284597‑M1/31‑70 (MQ=255) gcgccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:1781351‑M2/3‑37 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:2057909‑M2/1‑37 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:4084098‑M1/27‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1918368‑M1/26‑71 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa > 1:1033701‑M1/25‑51 (MQ=255) cGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg > 1:721022‑M2/1‑33 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:42954‑M2/63‑32 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:1638031‑M1/24‑41 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGaa < 1:647947‑M1/24‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa > 1:1298620‑M1/23‑69 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa > 1:4003194‑M1/23‑69 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 1:2930841‑M2/71‑41 (MQ=255) ggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 1:3322442‑M2/69‑42 (MQ=255) aagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:4556836‑M1/53‑1 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 1:2690671‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 1:1474960‑M2/1‑26 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:881700‑M1/17‑70 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:3975135‑M1/53‑1 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:1182368‑M2/58‑35 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:1918894‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:4190620‑M2/71‑50 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt > 1:1843919‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:2285424‑M2/60‑39 (MQ=255) tggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:2380946‑M1/44‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:3594444‑M2/71‑51 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:4144367‑M2/71‑51 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:2549271‑M2/1‑21 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:367514‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg < 1:2146813‑M2/57‑38 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:2245077‑M2/54‑35 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:2320156‑M2/47‑28 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:2012596‑M2/44‑25 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatggtgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:536418‑M2/62‑44 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc > 1:4674027‑M2/1‑19 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 1:702506‑M2/69‑54 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa < 1:4121224‑M1/55‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAcc < 1:431856‑M1/61‑1 (MQ=255) ttaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGa > 1:217577‑M1/6‑71 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:3938933‑M2/40‑27 (MQ=255) gCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:3086146‑M2/1‑13 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaa > 1:1791326‑M1/3‑71 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaa > 1:1717530‑M1/3‑71 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaa > 1:1524619‑M1/3‑71 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:202224‑M2/52‑43 (MQ=255) cCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:1957377‑M1/2‑71 (MQ=255) cCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:4251333‑M1/2‑71 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:3911892‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctca > 1:2872988‑M2/1‑9 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:69998‑M2/45‑37 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:4575607‑M2/35‑27 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc < 1:4002155/71‑1 (MQ=255) | CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748729‑3748869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |