| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 7 (0.140) | 61 (1.200) | 39/102 | NT | 89.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
ACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > W3110S.gb/4056153‑4056284 | aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 1:4023737/1‑71 (MQ=255) tAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt > 1:1966709/1‑70 (MQ=255) aaCTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa < 1:4650768/69‑1 (MQ=255) aaCTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACt < 1:1754720/71‑1 (MQ=255) gAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:3052877/61‑1 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt > 1:2134159/1‑62 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACtt < 1:4003410/71‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAt > 1:1472864/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:4419736/56‑1 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt > 1:2118087/1‑70 (MQ=255) tttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:4286413/1‑71 (MQ=255) tttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:1491580/1‑71 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:4669502/1‑70 (MQ=255) cTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1506607/1‑54 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTTCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCa < 1:2741032/56‑1 (MQ=255) tgCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt < 1:439080/71‑1 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:3960265/1‑71 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAt < 1:3455673/57‑1 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt < 1:199573/71‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt < 1:4059255/71‑1 (MQ=255) tctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa > 1:4004269/1‑70 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:4599981/44‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:1254680/44‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:1666614/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCAAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:3974778/69‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATa > 1:919400/1‑51 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATa > 1:1832890/1‑51 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTcc > 1:2897908/1‑38 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATa < 1:4318914/68‑1 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATg > 1:794168/1‑71 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACtt < 1:3125696/42‑1 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 1:1633789/47‑1 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:614090/56‑1 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2314745/66‑1 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt > 1:324134/1‑53 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGcc < 1:3974042/70‑1 (MQ=255) cAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATa > 1:42989/1‑46 (MQ=255) cAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc < 1:3952709/70‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:3856341/41‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:2349949/71‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACT‑CAACtt < 1:3706631/36‑1 (MQ=37) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:448608/1‑55 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:1452728/1‑55 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:1324781/1‑55 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATg < 1:3294086/71‑1 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATg < 1:2465649/71‑1 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATg < 1:2460096/71‑1 (MQ=255) aGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACt < 1:1759833/71‑1 (MQ=255) gTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtt > 1:4059176/1‑44 (MQ=255) ttACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACttt > 1:4333983/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:1337175/1‑71 (MQ=255) cTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTc < 1:73857/71‑1 (MQ=40) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt > 1:836337/1‑38 (MQ=255) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt < 1:1994729/70‑1 (MQ=37) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAt < 1:471605/70‑1 (MQ=37) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGa > 1:4555322/1‑60 (MQ=35) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATg < 1:4610079/70‑1 (MQ=35) | ACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > W3110S.gb/4056153‑4056284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |