| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 713380 = | 48 (0.820) | 29 (0.540) | 24/94 | NT | 39.9% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | = 4125340 | 43 (0.800) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
AGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATA > W3110S.gb/713311‑713448 | aGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAt > 1:4565535/1‑71 (MQ=255) acgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat < 1:3551644‑M1/2‑1 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:4110197/1‑71 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:2119431‑M1/7‑1 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:5204060‑M1/7‑1 (MQ=255) taaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:3703240‑M1/64‑71 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:3429518/70‑1 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:3796719/70‑1 (MQ=255) aaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt < 1:3290803‑M1/8‑1 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:3139094‑M1/12‑1 (MQ=255) aaGCCAGGCTTGACGCTATACGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGac < 1:561807/71‑1 (MQ=255) ggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGac < 1:390533‑M1/13‑1 (MQ=255) aGCCAGGCTTGACGCTATACGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGaca < 1:215970/71‑1 (MQ=255) cAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactg > 1:4203527/1‑71 (MQ=255) aGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGCcactg > 1:4897713/1‑70 (MQ=255) ggCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgca < 1:4349776/71‑1 (MQ=255) acgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgca < 1:1588534‑M1/19‑1 (MQ=255) gCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgca > 1:4446506/1‑70 (MQ=255) ttGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTc > 1:280900/1‑53 (MQ=255) ttGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAg > 1:2953690/1‑60 (MQ=255) gACGCTATCCGCTGGCGGGATTTATTGATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgcactg < 1:3312059/69‑1 (MQ=255) gACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGa > 1:2198473/1‑71 (MQ=255) gACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGa > 1:696449/1‑71 (MQ=255) tgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt < 1:1208270‑M1/25‑1 (MQ=255) tgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt < 1:1371670‑M1/25‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt < 1:4484661‑M1/25‑1 (MQ=255) gCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa < 1:4748302/71‑1 (MQ=255) ctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAtt > 1:2735408‑M1/45‑70 (MQ=255) cTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt > 1:2194446/1‑68 (MQ=255) tATCCGCTGCCGGGATTTGTTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt > 1:4535668/1‑67 (MQ=255) ggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa > 1:402559‑M1/43‑43 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGacac > 1:1981099‑M1/42‑56 (MQ=255) tCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGAt > 1:563995/1‑71 (MQ=255) ctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGacac > 1:4797192‑M1/41‑55 (MQ=255) tttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTa > 1:1446726‑M1/40‑48 (MQ=255) ttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATg < 1:5150680‑M1/32‑1 (MQ=255) cGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGa > 1:777052/1‑50 (MQ=255) tgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATg > 1:1400339‑M1/38‑69 (MQ=255) gCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTa < 1:2536094/46‑1 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:4364125‑M1/37‑70 (MQ=255) cTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:1486745/1‑70 (MQ=255) cTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:767510/1‑70 (MQ=255) ccGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGac < 1:320689/46‑1 (MQ=255) ccGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGac < 1:314416/46‑1 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGTTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc > 1:4414262‑M1/34‑70 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaa < 1:1343226‑M1/35‑1 (MQ=255) cGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGa < 1:1316446/44‑1 (MQ=255) aaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcac > 1:1656125‑M1/33‑52 (MQ=255) aaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAt < 1:2760939‑M1/40‑1 (MQ=255) ggATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt < 1:3965177/71‑1 (MQ=255) ggATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt < 1:4849510/71‑1 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTaa > 1:5285955‑M1/30‑39 (MQ=255) aTTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:809908/1‑70 (MQ=255) aTTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:1520683/1‑70 (MQ=255) tttATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:1781752/1‑69 (MQ=255) tttATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGaa < 1:913042/71‑1 (MQ=255) tATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg < 1:694453/70‑1 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTTAAGTtg > 1:684620‑M1/24‑71 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:854174‑M1/50‑1 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCATCTAAGAcactgc < 1:723143/38‑1 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGacac > 1:575724/1‑35 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:320325/70‑1 (MQ=255) tttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGAt > 1:1720902‑M1/20‑50 (MQ=255) ataCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:849894/1‑71 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg < 1:3853578‑M1/22‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcac < 1:3107360‑M1/20‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAt < 1:3618890‑M1/40‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:1221606‑M1/53‑1 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:3482137/1‑70 (MQ=255) tCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt < 1:1287927/61‑1 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:4602323‑M1/14‑55 (MQ=255) cgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:438508‑M1/13‑71 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:2342507/49‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGTTTGAAGTTGATGATGAActc < 1:39879/71‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:4663855/1‑71 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:1901650/1‑71 (MQ=255) ggCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatg > 1:1042077/1‑61 (MQ=255) ggCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa > 1:784782/1‑66 (MQ=255) cgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa > 1:1158809‑M1/11‑71 (MQ=255) gCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa > 1:3705942/1‑70 (MQ=255) gCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa > 1:2252613/1‑70 (MQ=255) gACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:325836/57‑1 (MQ=255) gACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAg < 1:1054504/71‑1 (MQ=255) aaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAg < 1:1097308‑M1/64‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:2560616‑M1/65‑1 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc > 1:2085297/1‑43 (MQ=255) cTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtg < 1:1543828/53‑1 (MQ=255) cTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc > 1:4524726/1‑70 (MQ=255) cTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCt < 1:613609/71‑1 (MQ=255) aaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:2192340‑M1/65‑1 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCt > 1:271351/1‑70 (MQ=255) taATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:2475696‑M1/50‑1 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtat < 1:3041378/70‑1 (MQ=255) tATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtata > 1:4375462/1‑70 (MQ=255) | AGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATA > W3110S.gb/713311‑713448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |