| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 7 (0.120) | 40 (0.730) | 28/96 | NT | 85.9% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTC > W3110S.gb/2018501‑2018640 | cgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:3018930‑M1/1‑1 (MQ=255)cgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:1499864‑M1/1‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:2500433‑M1/70‑71 (MQ=255) cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCggg < 1:2468468/71‑1 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatgatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:4991349‑M1/69‑70 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:3214739‑M1/69‑71 (MQ=255) gagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:3942191‑M1/68‑70 (MQ=255) gagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc < 1:1049840‑M1/4‑1 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:5182311/1‑70 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:3364206/1‑70 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc > 1:3808720‑M1/67‑70 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc > 1:1447655‑M1/67‑70 (MQ=255) agagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:4640516‑M1/67‑71 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGa > 1:4952013‑M1/66‑71 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGa < 1:2687928‑M1/6‑1 (MQ=255) atgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGAt > 1:640302/1‑71 (MQ=255) atgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGAt > 1:449073/1‑71 (MQ=255) ttcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAc > 1:5179575‑M1/60‑71 (MQ=255) tGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg > 1:788835/1‑63 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATccc < 1:1045933‑M1/10‑1 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:2557989‑M1/13‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:3256849/1‑67 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa < 1:488834/67‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:4010198‑M1/1‑69 (MQ=255) atcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCg > 1:4990763‑M1/57‑61 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:4332436‑M1/54‑70 (MQ=255) ggcacgttaaataatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc < 1:2462091‑M1/4‑1 (MQ=255) cGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag < 1:2339704‑M1/71‑6 (MQ=255) cGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataa > 1:5341977‑M1/1‑66 (MQ=255) gttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGc > 1:392282‑M1/49‑52 (MQ=255) ggATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct > 1:3428896‑M1/1‑61 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa > 1:270937‑M1/1‑60 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:1136142‑M1/25‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg < 1:1438623/46‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg < 1:3726319/46‑1 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:2243797‑M1/71‑16 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:1025401‑M1/70‑15 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCAGGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:1597610‑M1/71‑16 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa < 1:3359424‑M1/71‑17 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa < 1:1896731‑M1/71‑17 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaag < 1:805211‑M1/70‑18 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:3362495‑M1/40‑71 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:603477‑M1/40‑71 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt < 1:5116999‑M1/71‑21 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa > 1:4403717‑M1/38‑70 (MQ=255) cGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt > 1:306291‑M1/1‑49 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:263912‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt < 1:4054774‑M1/69‑22 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCAt < 1:1647197‑M1/19‑1 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:4575552‑M1/36‑1 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt > 1:120048‑M1/36‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:1307996‑M1/35‑36 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:2605803‑M1/2‑1 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:1331641‑M1/35‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:1330102‑M1/35‑71 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:4984324‑M1/14‑1 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:2850591‑M1/71‑27 (MQ=255) gtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATc > 1:3757049‑M1/32‑39 (MQ=255) tACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactcaagg > 1:1364990‑M1/1‑43 (MQ=255) aataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgc < 1:2390796‑M1/42‑1 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGAt < 1:3292695/36‑1 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:5292159‑M1/44‑3 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:864731‑M1/69‑29 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:2808964‑M1/29‑71 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg > 1:3492040‑M1/27‑52 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:2283263‑M1/47‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:2107062‑M1/24‑71 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaa > 1:1857869‑M1/1‑35 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:4842403‑M1/40‑1 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGaa > 1:5286705‑M1/23‑71 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:516091‑M1/62‑29 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:864247‑M1/1‑32 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:3663730‑M1/1‑32 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:3965211‑M1/19‑71 (MQ=255) cATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:1266383‑M1/1‑30 (MQ=255) ttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcggc < 1:3032765‑M1/28‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:688828‑M1/56‑1 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc > 1:2734380‑M1/1‑27 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:2425790‑M1/1‑27 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg < 1:4167662‑M1/24‑1 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:845831‑M1/1‑26 (MQ=255) ctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaat < 1:5135988‑M1/62‑38 (MQ=255) gcgcTTGGTGGGCGATCCCACCataagcgctaacttatgggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg < 1:2798577‑M1/71‑50 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcg < 1:3055027‑M1/70‑49 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:655004‑M1/45‑1 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGAc > 1:2498899‑M1/10‑70 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATACTGTCGGCTGTa < 1:1224698‑M1/32‑1 (MQ=255) cgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggt < 1:3404906‑M1/71‑51 (MQ=255) cgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGc < 1:1301043‑M1/63‑1 (MQ=255) gcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc < 1:3158947‑M1/40‑1 (MQ=255) ttGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcc > 1:1662244‑M1/1‑18 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg > 1:2020377‑M1/6‑55 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg > 1:2074540‑M1/6‑71 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc < 1:5300162‑M1/45‑30 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc < 1:3709225‑M1/45‑30 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcg < 1:2205859‑M1/71‑57 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa < 1:4380766‑M1/48‑1 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg > 1:575265‑M1/3‑70 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt < 1:4676979‑M1/70‑58 (MQ=255) GGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 1:4441370‑M1/50‑1 (MQ=255) | ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTC > W3110S.gb/2018501‑2018640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |