New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | minE | = 2543276 | 57 (1.100) | 6 (0.130) | 6/94 | NT | 10.9% | coding (1252/1260 nt) | rfaL | O‑antigen ligase |
? | minE | = 2543288 | 46 (0.960) | coding (1240/1260 nt) | rfaL | O‑antigen ligase |
TAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > minE/2543205‑2543276 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAA < minE/2543288‑2543249 TAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAA > 1:849144/1‑71 AAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAAT < 1:3088663/71‑1 AAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATC > 1:1693854/1‑71 AAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAAT < 1:733222/70‑1 GTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAA > 1:725634/1‑56 TATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATCGTAACAATACAATT < 1:2308954/71‑1 ATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAA > 1:685488/1‑54 GATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATCGTAACAATACAATTAATT < 1:302680/71‑1 GTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATCGTAACAATACAATTAAT > 1:3228814/1‑62 GAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATCGTAACAATACAAT < 1:2184336/56‑1 AGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATCGTAACAATACAATTAA > 1:1693537/1‑58 TTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATCGTAACAATACAATT > 1:447562/1‑52 ATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAA > 1:2598417/1‑42 TAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > minE/2543205‑2543276 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAA < minE/2543288‑2543249 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |