| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 2543276 | 57 (1.100) | 6 (0.130) | 6/94 | NT | 10.9% | coding (1252/1260 nt) | rfaL | O‑antigen ligase |
| ? | minE | = 2543288 | 46 (0.960) | coding (1240/1260 nt) | rfaL | O‑antigen ligase | |||||
ATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCATATGATC > minE/2543226‑2543358 | aTAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACg < 1:1860642/63‑1 (MQ=255) tAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAAt > 1:91083/1‑71 (MQ=255) aagaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGattat > 1:217621/1‑66 (MQ=255) agaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGa > 1:2346254/1‑71 (MQ=255) agaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGa > 1:647512/1‑71 (MQ=255) gaagTGAGGTTTAACTCACTTCTTAAACTGGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAc > 1:3248416/1‑71 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGa < 1:1786687/71‑1 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGa < 1:809370/71‑1 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTCTTACGATTATTAATGACGa < 1:317832/71‑1 (MQ=255) gTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAc < 1:3105840/68‑1 (MQ=255) gTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAc < 1:139630/68‑1 (MQ=255) gTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAg > 1:3857436/1‑71 (MQ=255) tGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAg > 1:686124/1‑70 (MQ=255) aGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGt > 1:3857063/1‑69 (MQ=255) gTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAag < 1:3466526/71‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAag < 1:1798085/70‑1 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:3001998/1‑70 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:971898/1‑70 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:1084544/1‑70 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag < 1:1644450/70‑1 (MQ=255) tAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGa > 1:2010315/1‑71 (MQ=255) tCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAAt < 1:936710/53‑1 (MQ=255) cACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACta > 1:3404309/1‑69 (MQ=255) aCTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACtat < 1:108423/69‑1 (MQ=255) aCTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACta > 1:3340031/1‑68 (MQ=255) aCTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAg > 1:3035099/1‑71 (MQ=255) cttcttAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGc < 1:3674389/71‑1 (MQ=255) ttcttAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGat > 1:2598417‑M2/1‑40 (MQ=255) ttAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCgg < 1:3732112/69‑1 (MQ=255) ttAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCg < 1:1866667/68‑1 (MQ=255) tAAACTTGTTTATTGTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCg > 1:2515808/1‑67 (MQ=255) tAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGata > 1:761858/1‑71 (MQ=255) aaaCTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGa > 1:429158/1‑68 (MQ=255) aaCTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGatat > 1:2259679/1‑70 (MQ=255) cTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTaa < 1:175423/50‑1 (MQ=255) cTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGatat < 1:1298702/68‑1 (MQ=255) cTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGatat < 1:644898/68‑1 (MQ=255) cTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAAt < 1:3921747/71‑1 (MQ=255) cTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAAt < 1:3281223/71‑1 (MQ=255) ttGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAAt > 1:71987/1‑70 (MQ=255) ttATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCg < 1:3671366/58‑1 (MQ=255) tATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAAt > 1:2259295/1‑71 (MQ=255) aTTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAAtt > 1:3639575/1‑71 (MQ=255) cTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTa > 1:1700293/1‑39 (MQ=255) aattaattGTATTGTTACGattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaaaactcacttcttatc < 1:302680‑M2/71‑53 (MQ=255) attaattGTATTGTTACGattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaaaactcac > 1:3228814‑M2/1‑18 (MQ=255) attaattGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTg < 1:209336/65‑1 (MQ=255) ttaattGTATTGTTACGattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaaaact > 1:1693537‑M2/1‑17 (MQ=255) taattGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAAtgctg > 1:1337345/1‑71 (MQ=255) aattGTATTGTTACGattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaaaactcacttcttatctata < 1:2308954‑M2/71‑57 (MQ=255) aattGTATTGTTACGattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaa > 1:447562‑M2/1‑15 (MQ=255) attgtattgtTACGattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaaaactc < 1:2184336‑M2/56‑43 (MQ=255) ttgtattgtTACTATTATTAATGACGAGTAAGAGGACta < 1:1016543/39‑1 (MQ=255) tgtattgtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTg > 1:2727247/1‑71 (MQ=255) tattgtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGc < 1:2224049/70‑1 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAAt > 1:3764795/1‑57 (MQ=255) gtTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCat < 1:3690921/70‑1 (MQ=255) ttACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATaa < 1:1187072/49‑1 (MQ=255) ttACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAAtg < 1:1049741/57‑1 (MQ=255) ttACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCatat < 1:3922866/71‑1 (MQ=255) ttACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCatat < 1:2152260/71‑1 (MQ=255) ttACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCatat > 1:3781500/1‑71 (MQ=255) aCGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGa > 1:1597676/1‑52 (MQ=255) aCGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCATATg < 1:3628881/70‑1 (MQ=255) gattaattaagaataaacaagtttaagaagtgagttaaaactcacttcttatctatacaacttaatctctt > 1:1693854‑M2/1‑1 (MQ=255) gATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAAtg < 1:1406583/53‑1 (MQ=255) gATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAAtg < 1:3232300/53‑1 (MQ=255) gATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCATATGat > 1:1722335/1‑70 (MQ=255) | ATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGACTATAGCGGATATAATGATAATTGGAATGCTGCGTGCCCATATGATC > minE/2543226‑2543358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |