| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 1501264 | 66 (1.270) | 3 (0.070) | 3/90 | NT | 5.7% | intergenic (‑206/+425) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/DNA‑binding transcriptional repressor |
| ? | minE | = 1501324 | 41 (0.900) | intergenic (‑266/+365) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/DNA‑binding transcriptional repressor | |||||
ATATCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTC > minE/1501256‑1501390 | atatCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtg < 1:227914‑M2/71‑3 (MQ=255) tatCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgt < 1:981706‑M2/71‑4 (MQ=255) atCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgtt < 1:2376557‑M2/71‑5 (MQ=255) tCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgtt > 1:258235‑M2/1‑66 (MQ=255) aaCACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGaa > 1:1119361/1‑71 (MQ=255) aaCACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGaa > 1:1851794/1‑71 (MQ=255) aGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTt > 1:2300492‑M2/1‑55 (MQ=255) ttAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTtgt < 1:3189479/70‑1 (MQ=255) tAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCgtg > 1:1050130/1‑61 (MQ=255) gCCCTTTCACCCCAGATCCTTGCCGCCTCCAGGATAAGTAGATGTt < 1:181138‑M2/46‑2 (MQ=255) gCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGc > 1:1013669/1‑70 (MQ=255) gCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGATGTGAAGc > 1:1008963/1‑70 (MQ=255) cccTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCaa > 1:3756273/1‑71 (MQ=255) cccTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCa < 1:1781771/70‑1 (MQ=255) cccTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCa < 1:345495/70‑1 (MQ=255) ccTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgttga < 1:2511730‑M2/49‑7 (MQ=255) ccTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtg > 1:597830‑M2/1‑43 (MQ=255) tttCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCgtg < 1:1077122/53‑1 (MQ=255) tCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGa > 1:1046696/1‑70 (MQ=255) aCCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgttgatattatgtaaactaatgtgaagaaactt > 1:2331643‑M2/1‑37 (MQ=255) cccATATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaaaa < 1:327899/71‑1 (MQ=255) cccAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGaa < 1:950904/42‑1 (MQ=255) cccAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAAt > 1:3697421/1‑43 (MQ=255) ccAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaaaa > 1:3156592/1‑70 (MQ=255) ccAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaaaa > 1:967451/1‑70 (MQ=255) cAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCaa > 1:3479687/1‑60 (MQ=255) aGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATAc > 1:2112976/1‑71 (MQ=255) aGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATAc > 1:1762960/1‑71 (MQ=255) gATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACg > 1:3754809/1‑71 (MQ=255) aTCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATgg < 1:728828/60‑1 (MQ=255) tCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgttgatattatgtaaactaatgtgaagaaac > 1:1528682‑M2/1‑29 (MQ=255) tCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaaaa < 1:307591/65‑1 (MQ=255) tCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAAt < 1:1372638/66‑1 (MQ=255) tCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACggg > 1:1138118/1‑71 (MQ=255) tCCTTGACAACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACggg > 1:2394853/1‑71 (MQ=255) ccTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGt > 1:546901/1‑71 (MQ=255) gttGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTtg < 1:3889855/45‑1 (MQ=255) ttGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCgtg < 1:634089/38‑1 (MQ=255) ttGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaa < 1:1222287/60‑1 (MQ=255) ttGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaa > 1:217945/1‑59 (MQ=255) tGACGACTCCAGGATAATTAGATGTtgttgatattatgtaaactaat > 1:1812569‑M2/1‑25 (MQ=255) gacgacTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTAt > 1:1026986/1‑71 (MQ=255) gacgacTACAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaaaa > 1:144109/1‑60 (MQ=255) gacgacTACAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGAAATGGaaaaaa > 1:139492/1‑60 (MQ=255) gacgaaTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGaaaaaa > 1:3231042/1‑60 (MQ=255) gacTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTAtttt < 1:1909751/71‑1 (MQ=255) gacTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAACAATGGAAAAAATACGGGTCTAttt > 1:1578731/1‑70 (MQ=255) cTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTg > 1:3618519/1‑70 (MQ=255) cAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCaa > 1:1999105/1‑43 (MQ=255) gATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAAt > 1:2614943/1‑50 (MQ=255) tAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAAt < 1:3911555/70‑1 (MQ=255) aaTTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTAtttt < 1:3106966/60‑1 (MQ=255) aTTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAAt > 1:1880903/1‑37 (MQ=255) aTTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAAt > 1:2261428/1‑37 (MQ=255) aTTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATAc < 1:2665529/48‑1 (MQ=255) aGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCt > 1:3114290/1‑51 (MQ=255) gATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTc < 1:2249575/71‑1 (MQ=255) gATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTc < 1:3731931/71‑1 (MQ=255) ttgttgAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTAtttt < 1:367607/51‑1 (MQ=255) | ATATCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTTGTGTC > minE/1501256‑1501390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |