| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 2254588 = | 75 (1.450) | 4 (0.080) | 3/96 | NT | 5.7% | coding (2450/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| ? | minE | 2254616 = | 62 (1.270) | coding (2422/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit | |||||
CGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTGCGGTA > minE/2254547‑2254683 | cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccacc < 1:3931181/71‑1 (MQ=255)cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccacc < 1:1937311/71‑1 (MQ=255)cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccacc < 1:645319/71‑1 (MQ=255)cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccac > 1:1258792/1‑70 (MQ=255)cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccac > 1:2729962/1‑70 (MQ=255)cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccac > 1:338404/1‑70 (MQ=255)cGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGGCTTCGGTAaccac > 1:1796525/1‑70 (MQ=255) gTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccac > 1:1512705/1‑69 (MQ=255) caccacCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAgg > 1:3890947/1‑71 (MQ=255) ccaccCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTc > 1:2480621/1‑71 (MQ=255) gactcgtcgtctggttgacgtggcgcaggacctggTGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAaccac > 1:3249742‑M1/36‑64 (MQ=255) caccCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTcc < 1:1550636/71‑1 (MQ=255) accCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCt < 1:2545873/71‑1 (MQ=255) accCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGATCCt < 1:1890449/71‑1 (MQ=255) cccTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCt > 1:3409949/1‑70 (MQ=255) cccTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCt > 1:3248385/1‑70 (MQ=255) cccTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTg > 1:609498/1‑71 (MQ=255) cTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTgcg > 1:3528287/1‑71 (MQ=255) tCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTgcgc > 1:1589814/1‑71 (MQ=255) cGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTcc < 1:64244/65‑1 (MQ=255) cGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTgcgc > 1:1300101/1‑70 (MQ=255) cGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTgcgc > 1:961212/1‑70 (MQ=255) cGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTgcgc > 1:3114240/1‑70 (MQ=255) gATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGcc < 1:2312145/70‑1 (MQ=255) gATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCa > 1:3557564/1‑71 (MQ=255) gATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCa > 1:24296/1‑71 (MQ=255) tAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACg > 1:124897/1‑71 (MQ=255) ccGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTc < 1:799220/70‑1 (MQ=255) gAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAAcc < 1:1501580/71‑1 (MQ=255) gAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAAcc < 1:1219265/71‑1 (MQ=255) gAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAAcc < 1:1214687/71‑1 (MQ=255) gTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCAGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAAc > 1:577049/1‑68 (MQ=255) atcatGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgac > 1:3334620/1‑70 (MQ=255) catGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacgac > 1:1136929/1‑71 (MQ=255) aTACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAg < 1:1596216/70‑1 (MQ=255) tACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGt < 1:3919122/70‑1 (MQ=255) tACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGt < 1:995253/70‑1 (MQ=255) tACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGt > 1:1210327/1‑70 (MQ=255) aCCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacgac < 1:2722491/65‑1 (MQ=255) aCCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTc < 1:1436419/70‑1 (MQ=255) cTTCATTGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacgac < 1:2603715/63‑1 (MQ=255) cTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTc < 1:290577/68‑1 (MQ=255) cTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAgg < 1:3608877/71‑1 (MQ=255) tCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCAc > 1:3255570/1‑47 (MQ=255) tCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGt > 1:727028/1‑70 (MQ=255) tCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGt > 1:2139615/1‑70 (MQ=255) tCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGt > 1:3867098/1‑70 (MQ=255) gtggttaccgaagacgattgtggtacccaCCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTc > 1:3249742‑M2/30‑64 (MQ=255) aTGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAAc < 1:1928251/71‑1 (MQ=255) tggttaccgaagacgattgtggtacccaCCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAAcc > 1:668376‑M2/29‑71 (MQ=255) TGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAAcc > 1:1140418‑M1/1‑71 (MQ=255) gttaccgaagacgattgtggtacccaCCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCgg < 1:294377‑M2/45‑1 (MQ=255) gttaccgaagacgattgtggtacccaCCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCgg < 1:2885438‑M2/45‑1 (MQ=255) GGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCg < 1:1781918‑M1/70‑1 (MQ=255) GGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCg > 1:291419‑M1/1‑70 (MQ=255) GGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCg < 1:1924427‑M1/70‑1 (MQ=255) gTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGa < 1:453055/71‑1 (MQ=255) tACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAg < 1:2536094/71‑1 (MQ=255) tACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAg < 1:3335012/71‑1 (MQ=255) tACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAg > 1:2516078/1‑71 (MQ=255) aCCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACg > 1:2259040/1‑40 (MQ=255) ccACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGtt > 1:3488968/1‑71 (MQ=255) cacaATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTc < 1:3455975/71‑1 (MQ=255) acaATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCg > 1:14833/1‑71 (MQ=255) caATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacga > 1:1982503/1‑48 (MQ=255) caATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacga > 1:3402689/1‑48 (MQ=255) caATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCg > 1:96758/1‑70 (MQ=255) caATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCg < 1:2142448/70‑1 (MQ=255) caATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCg < 1:96828/70‑1 (MQ=255) aaTCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGGGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTc > 1:3744879/1‑68 (MQ=255) aaTCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTc < 1:3709545/37‑1 (MQ=255) aaTCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTc < 1:3898841/37‑1 (MQ=255) aaTCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTc > 1:306939/1‑53 (MQ=255) gTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTc < 1:1178859/49‑1 (MQ=255) tCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGtttt < 1:3182663/71‑1 (MQ=255) tCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGtttt < 1:749396/71‑1 (MQ=255) tCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGtttt < 1:3025750/71‑1 (MQ=255) cTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacga > 1:1203085/1‑41 (MQ=255) ttCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTa < 1:2211429/51‑1 (MQ=255) ttCGGTAACCACCAGGTCCTGCG‑CACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAg > 1:1132411/1‑71 (MQ=255) ggTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGt < 1:1909016/70‑1 (MQ=255) gTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAgacgac < 1:1983573/37‑1 (MQ=255) gTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTg < 1:1428364/70‑1 (MQ=255) accaccAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTGCgg < 1:3847474/70‑1 (MQ=255) accaccAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTGCgg > 1:2585900/1‑70 (MQ=255) ccaCCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTGCGGTa < 1:3135278‑M2/68‑1 (MQ=255) | CGTCACCACCCTCGATAACCGGAGTCATCATGATACCTTCATGGGTACCACAATCGTCTTCGGTAACCACCAGGTCCTGCGCCACGTCAACCAGACGACGAGTCAGGTAACCGGAGTTCGCAGTTTTCAGTGCGGTA > minE/2254547‑2254683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |