| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 2581647 | 66 (1.120) | 5 (0.100) | 4/90 | NT | 7.6% | intergenic (+137/‑233) | gadA/gadX | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| ? | minE | = 2581660 | 64 (1.230) | intergenic (+150/‑220) | gadA/gadX | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/DNA‑binding transcriptional dual regulator | |||||
TATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > minE/2581574‑2581647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attaaaGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAA < minE/2581660‑2581593 TATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTAT > 1:784053/1‑70TATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTAT > 1:371686/1‑70 ATTTATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTAT > 1:1195971/1‑69 ATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCGTCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTAT > 1:2973751/1‑69 ATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATT < 1:2111512/70‑1 ATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATT > 1:93366/1‑70 ATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATT > 1:3245268/1‑70 ATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTAT > 1:2444663/1‑69 ATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTAT < 1:1262878/69‑1 TTAATCGCAATAATATATTGTCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTA < 1:249847/70‑1 TTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAA < 1:941518/71‑1 TTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTA < 1:185882/70‑1 TTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTA < 1:1865190/70‑1 TTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTA < 1:1878295/70‑1 TTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTA < 1:747078/70‑1 TAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA > 1:2205000/1‑71 AATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA > 1:2231793/1‑70 TCGCTATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA < 1:3543949/68‑1 TCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAA < 1:976560/67‑1 CTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATA < 1:1215217/71‑1 GTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAGGTAATCGCTACATTTAA > 1:1967907/1‑67 AAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAGGTAATCGCTACA < 1:1810376/43‑1 GATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAGGTAATCGCTACATT > 1:2323164/1‑43 GATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAGGTAATCGCTACATT > 1:929156/1‑43 TTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAA > 1:2021322/1‑53 TTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAA > 1:1831843/1‑53 TTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAA > 1:1797275/1‑53 TTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAA > 1:655739/1‑53 TAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCC > 1:3373816/1‑70 TAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGA > 1:1625617/1‑57 AAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAA > 1:2280256/1‑71 AAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGA > 1:1308774/1‑64 AAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTT < 1:867706/46‑1 AAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTT < 1:879406/46‑1 AAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTT < 1:124753/46‑1 AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAA > 1:484240/1‑59 AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACAC < 1:954122/53‑1 AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATAT > 1:3406050/1‑42 AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATAT > 1:281319/1‑42 AAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATAT > 1:2562811/1‑42 TATTAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > minE/2581574‑2581647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attaaaGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAA < minE/2581660‑2581593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |