| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | = 2581647 | 66 (1.120) | 5 (0.100) | 4/90 | NT | 7.6% | intergenic (+137/‑233) | gadA/gadX | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| ? | minE | = 2581660 | 64 (1.230) | intergenic (+150/‑220) | gadA/gadX | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/DNA‑binding transcriptional dual regulator | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCTTAAA > minE/2581577‑2581716 | taATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA > 1:2205000‑M1/1‑71 (MQ=255) aaTCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA > 1:2231793‑M1/1‑70 (MQ=255) tCGCTATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAA < 1:3543949‑M1/68‑1 (MQ=255) tCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATg > 1:2222465/1‑70 (MQ=255) tCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATg > 1:3410867/1‑70 (MQ=255) tCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGt < 1:1455894/71‑1 (MQ=255) cAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGc > 1:3658380/1‑71 (MQ=255) ataataTATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGa > 1:150372/1‑71 (MQ=255) ataataTATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGa > 1:2756491/1‑71 (MQ=255) tatTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAcc < 1:1731670/70‑1 (MQ=255) ttGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCttt > 1:2280256‑M2/1‑68 (MQ=255) ggCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCttta > 1:3373816‑M2/1‑66 (MQ=255) cTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAggtaatcgctacatttaata < 1:1215217‑M1/71‑21 (MQ=255) gTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAggtaatcgctacatttaa > 1:1967907‑M1/1‑49 (MQ=255) tCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTc < 1:3542949/70‑1 (MQ=255) tCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCa > 1:1763699/1‑71 (MQ=255) tCTATTCATAGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTc < 1:2571240/70‑1 (MQ=255) cTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCAc > 1:3219284/1‑71 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAc < 1:561057/56‑1 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAc < 1:1137391/56‑1 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAc < 1:2078980/56‑1 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCtt > 1:484240‑M2/1‑57 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGa > 1:2876666/1‑70 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGa > 1:832866/1‑70 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGa > 1:2638023/1‑70 (MQ=255) ttCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGa > 1:2714996/1‑70 (MQ=255) cATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTa > 1:2705702/1‑46 (MQ=255) cATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGa > 1:1195616/1‑68 (MQ=255) tCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCttta > 1:1625617‑M2/1‑53 (MQ=255) cGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGAt > 1:3446818/1‑48 (MQ=255) cGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAc > 1:2366367/1‑51 (MQ=255) cGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAc > 1:2682415/1‑51 (MQ=255) cGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTAc > 1:270729/1‑51 (MQ=255) gtgtTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAggg < 1:2852381/70‑1 (MQ=255) ttGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCtttaa > 1:655739‑M2/1‑48 (MQ=255) ttGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCtttaa > 1:1797275‑M2/1‑48 (MQ=255) ttGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCtttaa > 1:2021322‑M2/1‑48 (MQ=255) gATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTTATGTCACGAAAAGGGattatt > 1:1270538/1‑71 (MQ=255) gATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGattatt > 1:293760/1‑71 (MQ=255) tAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTa > 1:293380/1‑35 (MQ=255) tAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTAttt > 1:1434775/1‑70 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAggtaatcgctaca < 1:1810376‑M1/43‑14 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCttt < 1:867706‑M2/46‑4 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCttt < 1:124753‑M2/46‑4 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCttt < 1:879406‑M2/46‑4 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGaaa < 1:1813305/58‑1 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGaaa < 1:1148366/58‑1 (MQ=255) aaGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTAttt > 1:3391626/1‑69 (MQ=255) aGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCt < 1:3709850/71‑1 (MQ=255) gATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAggtaatcgctacatt > 1:2323164‑M1/1‑28 (MQ=255) gATATATGTTATATGAATGTTTATTAAAggtaatcgctacatt > 1:929156‑M1/1‑28 (MQ=255) atatatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCtt > 1:2562811‑M2/1‑40 (MQ=255) atatatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCtt > 1:281319‑M2/1‑40 (MQ=255) atatatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTa < 1:3441770/71‑1 (MQ=255) tatatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGTGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTAc < 1:2662599/71‑1 (MQ=255) tatatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTAc < 1:362112/71‑1 (MQ=255) atatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCa > 1:3187964/1‑48 (MQ=255) tatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCt > 1:160914/1‑66 (MQ=255) tatGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTa > 1:1888253/1‑71 (MQ=255) atGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAggg > 1:3666980/1‑55 (MQ=255) tGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTAtt < 1:177404/71‑1 (MQ=255) ttATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGaa < 1:1618069/47‑1 (MQ=255) ttATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGaa < 1:1583840/47‑1 (MQ=255) atatGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAAtt > 1:3562195/1‑71 (MQ=255) atGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAAttt > 1:1110225/1‑70 (MQ=255) tGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTcc > 1:2571360/1‑71 (MQ=255) tGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTc < 1:3213482/70‑1 (MQ=255) gAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGattat > 1:884960/1‑51 (MQ=255) gAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGattat > 1:2744368/1‑51 (MQ=255) aaTGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCt < 1:473856/71‑1 (MQ=255) aTGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTAttt > 1:373288/1‑51 (MQ=255) tGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCtgt > 1:2546995/1‑71 (MQ=255) tGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCtgt > 1:3055094/1‑71 (MQ=255) tttATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCtgtg < 1:3192618/70‑1 (MQ=255) tttATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTgtgt > 1:3511238/1‑71 (MQ=255) tattaAATGTAGCGATTACCtttaataaacattcatataacatatatcttatcaacacgatgaatagacag < 1:1215217‑M2/71‑52 (MQ=255) tattaAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAg > 1:1232089/1‑37 (MQ=255) tattaAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGattat > 1:1881301/1‑44 (MQ=255) tattaAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGattat > 1:938684/1‑44 (MQ=255) tattaAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCt > 1:152263/1‑65 (MQ=255) ttaAAggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaa > 1:655739‑M1/1‑5 (MQ=255) ttaAAggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaa > 1:1831843‑M1/1‑5 (MQ=255) ttaAATGTAGCGATTACCtttaataaacattcatataacatatatcttatcaacacgatgaatagac > 1:1967907‑M2/1‑18 (MQ=255) ttaAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCt > 1:2687670/1‑70 (MQ=255) ttaAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCt < 1:1001696/70‑1 (MQ=255) taAAggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaacacgatgaatagacagcc > 1:3373816‑M1/1‑4 (MQ=255) taAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCtt < 1:1422739/70‑1 (MQ=255) aaaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaacacgatgaatagacagccaa > 1:2280256‑M1/1‑3 (MQ=255) aaaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaacacgatgaataga > 1:1308774‑M1/1‑3 (MQ=255) aaaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatctt < 1:879406‑M1/46‑44 (MQ=255) aaaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatctt < 1:124753‑M1/46‑44 (MQ=255) aaaTGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCTTa < 1:723878/70‑1 (MQ=255) aaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaacacgatgaa > 1:484240‑M1/1‑2 (MQ=255) aaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatatcttatcaacac < 1:954122‑M1/53‑52 (MQ=255) aaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatat > 1:3406050‑M1/1‑2 (MQ=255) aaggtaatcgctacatttaataaacattcatataacatatat > 1:281319‑M1/1‑2 (MQ=255) aaTGTAGCGATTACCtttaataaacattcatataacatatatc > 1:2323164‑M2/1‑15 (MQ=255) aaTGTAGCGATTACCtttaataaacattcatataacatatatc > 1:929156‑M2/1‑15 (MQ=255) aaTGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCTTa < 1:304041/69‑1 (MQ=255) aaTGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCTTa < 1:214440/69‑1 (MQ=255) | TAATCGCAATAATATATTGGCTGTCTATTCATCGTGTTGATAAGATATATGTTATATGAATGTTTATTAAATGTAGCGATTACCTTTAATGTCACGAAAAGGGATTATTTGCTTACTATTAATTTCCCTGTGTTCTTAAA > minE/2581577‑2581716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |