Missing coverage evidence...
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TCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCG  >  minE/2501751‑2501811                                                             | tcccgcgGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2196940/58‑1 (MQ=255) tCACGCTGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2591204/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTTCTCAGCCg  <  1:1927491/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:166332/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:629803/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:431521/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:3456727/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:3434617/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:3245430/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:3200495/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:3121608/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:3097262/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2999874/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2875602/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2791071/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2528308/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2473620/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2436105/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2380952/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2332613/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2276131/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2158188/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:187084/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:1845645/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:1785698/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:176379/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:1719449/61‑1 (MQ=255) tCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:1362554/61‑1 (MQ=255)                      ccgccgTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:2802344/40‑1 (MQ=255)                      ccgccgTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCg  <  1:74929/40‑1 (MQ=255)                                                             | TCACGCGGAAAAGTTTTAACGCCGCCGTACCAGAAATCCTTGCTAACGGCGTGCTCAGCCG  >  minE/2501751‑2501811

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑