Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2544051	2544085	35	56 [1]	[0] 36	rfaL	O‑antigen ligase

CCTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAT  >  minE/2543989‑2544067                                                              |                  ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3456827/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1079388/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2828283/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2843233/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3037882/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3057763/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3088542/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:309036/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3231003/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3239888/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3381448/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3396668/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3407010/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3424104/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2598659/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3459125/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3518346/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3605933/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:3647139/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:37166/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:523969/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:575515/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:648872/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:756731/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:756997/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:902546/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:944085/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1642062/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1079660/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1142867/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1163402/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1191800/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1344827/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1357380/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1369857/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1428650/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1481426/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1484533/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1520744/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1571637/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2595647/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1675351/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1787485/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1810592/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1835162/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1921557/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:1973515/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2062208/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2092570/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2122905/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2224270/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:238411/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTc                   >  1:2461633/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGAGGTc                   >  1:650981/1‑62 (MQ=255) ccTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGACGTTCCTACACCAAAAGAAATGAGGTc                   >  1:3211331/1‑62 (MQ=255)                   tatGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAt  <  1:1603220/61‑1 (MQ=255)                                                              |                  CCTATTAGCATTGTTGAATATGCTGCTCCTGTTGCCGTTCCTACACCAAAAGAAATGCGGTCATTTTCATGAATGCTAT  >  minE/2543989‑2544067

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑