Missing coverage evidence...
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TACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAC  >  minE/2545542‑2545603                                                              | tACGCTCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:838482/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2965742/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:872438/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:661796/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:564136/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:450695/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:385609/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3478248/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:338123/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3254956/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3241832/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3135238/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3105002/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3000586/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:3000518/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:271980/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2447594/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2327886/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2283087/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2226794/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2213818/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:2132240/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1933176/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:18520/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1635193/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1624741/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1154218/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1074108/62‑1 (MQ=255) tACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCACTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1352838/62‑1 (MQ=255)            gAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAc  <  1:1062199/51‑1 (MQ=255)                                                              | TACGCGCTGGGGAGTAATGTCGATTAAGCTCTGGTGATAACCCTCCGCAGCGTCACCTTTAC  >  minE/2545542‑2545603

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑