Missing coverage evidence...
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AGTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCATTATT  >  minE/2548946‑2549007                                                              | agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2223970/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:872034/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:793547/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:582396/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:538003/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:497044/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:437715/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:434282/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:3061048/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2998818/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2955245/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2658225/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2569867/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2404342/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2305070/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1016727/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:173721/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1132191/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1137071/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:116713/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:122492/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1377330/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1559608/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2189688/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:179026/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1817624/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1824502/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2000777/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2031952/62‑1 (MQ=255) agTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2125320/62‑1 (MQ=255)  gTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1376481/61‑1 (MQ=255)  gTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:2364964/61‑1 (MQ=255)  gTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:720604/61‑1 (MQ=255)          aCGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGTTTGTTTAAAGAAGAGCGCattatt  <  1:1746932/53‑1 (MQ=255)                                                              | AGTTAACCAACGATCTGGAAACCGCACGGGCGGAAGGGTTGTTTAAAGAAGAGCGCATTATT  >  minE/2548946‑2549007

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑