Missing coverage evidence...
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CACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGA  >  minE/2549031‑2549092 |                                                              cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTtg                            >  1:740567/1‑36 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTAtc              >  1:676522/1‑50 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTAt               >  1:2320735/1‑49 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCg   >  1:1223654/1‑61 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCg   >  1:2606502/1‑61 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCg   >  1:2062020/1‑61 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCg   >  1:597557/1‑61 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCg   >  1:1546466/1‑61 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCg   >  1:1041911/1‑61 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:3195895/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:978348/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2412665/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2466833/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2542031/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2637338/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:3186312/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:863057/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:657615/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:3408392/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:3624286/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:469761/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:560923/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:784269/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:63944/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:770324/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1751555/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1251365/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1252863/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1259154/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1317655/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1376764/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:142048/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1496020/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1599965/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1633023/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1713044/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2334735/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1796992/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1904874/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:1906475/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2099427/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:219653/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2218993/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2296709/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGa  >  1:2300504/1‑62 (MQ=255) cACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGCGCTGGCGa  >  1:2196721/1‑62 (MQ=255) |                                                              CACTGTGGCTGATGGAAGCCACGTCATTAACTTTTGTGCCAACAACTATCTCGGGCTGGCGA  >  minE/2549031‑2549092

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑